sergey_mo的答案的另一种选择（也是MichałSzajbe最后一个问题的直接答案）是创建多个ssh密钥，如chalien在githib上所述：
https://gist.github.com/jexchan/2351996

我不明白为什么添加一个虚拟账户对自动部署如此不利，只要你在推送到GitHub之前运行自己的beta服务器作为暂存区，也就是说，如果你想beta码是私有的。
通常的GitHub方式是添加所有的合作者，并简单地拥有一个稳定项目和一个beta分支。你会自动将当前的beta版本拉到你的beta服务器上进行测试（那里不需要ssh密钥），如果你的测试成功，你会将beta分支中的合并拉到稳定项目中。

关于CI的小提示：
例如，如果你使用Jenkins，并且你需要它来访问多个项目，那么你需要：
1.将公钥添加到一个github用户帐户
2.将此用户添加为所有者（以访问所有项目）或每个项目中的协作者。
一个系统用户的多个公钥将无法工作，因为GitHub将找到第一个匹配的部署密钥，并将返回错误，如**“ERROR：对用户/repo 2的权限被用户/repo 1拒绝”**
http://help.github.com/ssh-issues/

你可以通过让不同的用户（每个应用一个用户）运行你的应用来解决这个问题。我指的是服务器用户，而不是github用户。无论如何，在多应用服务器上这是一个很好的实践。
每个用户都有自己的ssh密钥对，所以你有很多唯一的deploy密钥（每个github仓库一个）。
我尽可能地使用这种方法。然而，当一个用户运行多个应用程序时，可能无法使用github的deploy密钥。我也在寻找一个好的解决方案来解决这种情况。

似乎您只能将公钥附加到您的个人帐户，而不能将访问权限仅限于组织。
实际上，在2023年3月，您可以：

SSH Certificate requirement update（2023年3月）

“要求SSH证书”策略现在允许GitHub应用使用用户到服务器令牌调用Git API，使其与OAuth应用支持不相上下。
SSH证书要求要求组织中的用户使用组织颁发的SSH证书调用Git API，而不是使用自己的SSH密钥或PAT。
为了支持自动化，它为OAuth应用和GitHub应用服务器到服务器令牌设置了一个例外，允许您批准的应用为您的组织调用Git API。
通过这一更改，我们将该例外扩展到GitHub应用用户到服务器令牌，即当用户登录到安装在您组织中的GitHub应用时。

当企业级设置要求跨企业中的所有组织使用SSH证书时，此更改也适用。
要了解更多信息，请参阅：

• “管理组织的SSH证书颁发机构”或
• “管理企业的SSH证书颁发机构”。