我猜iText 2甚至不知道这可能是一个问题。
如果iText无法消除重复的目标名称，步骤大致如下：
按照每个文档中的/Catalog -〉/Names -〉/Dests查找目标名称树。
通过添加后缀来删除重复的名称。请记住，添加了后缀的名称可能与同一文档或另一文档中的现有名称相同。请小心！
现在你可以重写目标名称树了。因为你只使用了后缀，所以你可以在适当的地方这样做--名称的字典顺序没有改变，所以搜索树结构没有被破坏。
现在，在每个PDF中为新名称重写目标链接。例如，任何带有键/Dest的字典条目，或/后藤操作中的任何/D。
现在，在所有这些预处理之后，文件将合并而不会出现名称冲突。
（我知道这一切，因为我刚刚在自己的PDF软件中实现了它。这有点麻烦，但并不棘手。）
如果您愿意，我可以提供一个具有此功能的cpdf的开发版本，如果您想测试它的话。

根据@johnwhitington的回复，我得到了以下程序。
正如John所建议的，首先在名称树中重命名目标：

Map<String, PdfString> renameDestinations(PdfDocument pdf,
                                                  String suffix) {

    Map<String, PdfString> renamed = new HashMap<>();

    PdfNameTree nameTree = pdf.getCatalog().getNameTree(PdfName.Dests);
    Map<String, PdfObject> names = nameTree.getNames();

    Set<String> ks = new HashSet<String> (names.keySet());
    for (String key : ks) {
        String oldName = key;
        PdfString newName = new PdfString(oldName + suffix);
        PdfObject value = names.get(key);
        names.remove(key);
        names.put(newName.toUnicodeString(), value);
        renamed.put(oldName, newName);
    }

    nameTree.setModified();

    return renamed;
}

然后将大纲中的目标更改为新目标：

void renameOutlines(PdfOutline pdo, Map<String, PdfString> old2new) {

    for (PdfOutline child : pdo.getAllChildren()) {
        renameOutlines(child, old2new);
    }

    PdfDestination dest = pdo.getDestination();

    if (!((dest instanceof PdfNamedDestination)
         || (dest instanceof PdfStringDestination))) {
        return;
    }

    String oldDest = "";
    if (pdo.getDestination().getPdfObject().isString()) {

        oldDest = ((PdfString) pdo.getDestination()
                                  .getPdfObject()).toUnicodeString();

    } else if (pdo.getDestination().getPdfObject().isName()) {

        oldDest = ((PdfName) pdo.getDestination()
                                .getPdfObject()).getValue();
    }

    if (oldDest != null && old2new.containsKey(oldDest)) {
        pdo.addDestination(new PdfStringDestination(
                                            old2new.get(oldDest)));
    }

}

最后，更改每个页面上的链接以使用新的目的地：

void renameLinks(PdfDocument pdf, Map<String, PdfString> renamed) {

    int numPages = pdf.getNumberOfPages();
    for (int p = 1; p <= numPages; p++) {

        List<PdfAnnotation> annots = pdf.getPage(p).getAnnotations();

        for (PdfAnnotation annot : annots) {

                PdfObject dest = annot.getPdfObject().get(PdfName.Dest);

                if (dest != null && dest.isName()) {
                    String oldString = ((PdfName) dest).getValue();
                    if (renamed.containsKey(oldString)) {  
                        annot.getPdfObject().put(PdfName.Dest, 
                                   renamed.get(oldString));
                    }
                }
        }
    }
}

后缀当然应该是唯一的每个文件被合并。