我遇到了同样的错误。我正在使用PDO，但基本上应该是一样的。
您是否在MyISAM表上操作？如果是，问题可能与此Engine使用的锁定模型有关：它锁定整个表，对于阅读使用共享锁，对于写入使用排他锁。
这就是我想做的读取一个无缓冲的大结果集，并更新同一个表中的一些行。由于在同一个连接上不能发出一条语句，而它持有一个无缓冲的结果集，我尝试使用另一个连接进行更新。阅读一直很顺利，直到第一次更新，在这一点上脚本停顿了大约一分钟，然后我得到了“空行包体”错误。
你看，当阅读无缓冲时，共享锁会一直保持，直到整个结果集被读取或游标被关闭。在此期间，表被共享锁锁定，因此其他连接可以获得表上的共享锁（换句话说，从表中读取），但独占锁（用于写入）必须等待。如果在同一脚本中发生这种情况，它将死锁。
现在，为了防止无休止的死锁，MySQL将在一段时间后强制释放您的共享锁（IIRC这受table_lock_wait_timeout值的影响），转储您的结果集并允许具有等待排他锁的写入语句轮到它。
因此，虽然在我的例子中，是同一个脚本执行了此操作，因此在超时到期之前一直处于停滞状态，但也可能是其他脚本正在尝试对表执行具有相同效果的写操作，这可能就是您的例子中发生的情况。
对我来说，解决问题的方法是将表类型更改为InnoDB，因为该引擎使用行级锁而不是表级锁。然而，由于您说数据库不是您的，这对您来说可能不可能。

实际的问题是PHP和MySQL之间的连接中断（=在PHP * 接收 * 所有数据之前停止）。
当PHP（PDO）执行MySQL查询时，它在打开的连接上发送查询，然后等待响应。响应由一组头和一个主体组成，有点像HTTP请求。
如果连接中断，而PDO没有收到所有的头，那么你会得到一个警告“错误阅读结果集的头”，这意味着PDO不能解释响应，因为它只是部分（头）。
如果在解析包体时连接断开，那么PDO将产生一个“空行包体”，对应于您的错误。有关其他信息，请参阅this Github PR
因此，解决方法是找出连接被终止的原因：

• 是因为连接超时了吗？那就按照建议修复配置吧
• 是因为连接被`KILLè命令手动杀死了吗？然后要求杀手停止这样做
• 是因为Mysql内存满了，你的示例被你的虚拟主机杀死了吗？那就减少结果集的大小/找一个更大的MySQL服务器/要求更多的内存
• 是不是因为发生了“死锁”，所以Mysql任意终止了一个连接（MyISAM表更有可能发生这种情况，包括内部临时表）？
• 是因为硬件连接中断了吗，比如PHP和MySQL之间的有线/WiFi接收不好？然后修复硬件。
• 是因为转储程序要求终止所有连接以处理转储吗？然后等待现有连接完成，再运行转储

不久前出现了这个错误，我通过增加

net_read_timeout = 360
net_write_timeout = 360

当一个连接在写入时打开，等待另一个查询结束以继续插入，这会超时，给出一个空行包。我正在处理非常大的数据集，使用的值超过360。您的值将取决于您的用例。

user589182的答案是正确的。我正在做本质上相同的事情：从同一个PHP脚本中读取一个无缓冲的大型结果集，并更新同一个表中的一些行。在大约2500次更新后，我得到了完全相同的错误消息。从MyISAM切换到InnoDB后，问题解决了。

我得到了同样的错误，而且在更新同一个表的行时，我也在阅读一个未缓冲的大型结果集。
与其切换到InnoDB，一个更好的解决方案可能是创建一个临时表，只包含原始表的主键。然后，在该临时表中循环，同时从原始表中每次选择和更新一行。您必须使用两个单独的MySQL连接才能完成此操作，否则您将获得“Commands out of sync”错误。
您可能需要锁定原始表，以防止其他任何人在此过程中对其进行阅读/写。

我在InnoDB上从来没有遇到过这种类型的问题，直到我切换了编码环境（字面上的意思，就像位置）。所以，如果你改变了你的无线连接，这可能是问题，特别是如果它是一个公共场所。

我现在遇到了同样的问题，阅读巨大的无缓冲查询。所有的表都是InnoDB的。
当另一个进程启动mysqldump时，它就停止了。所以这可能也是原因。

我的“身体中的空行包”和其他一些相关的随机错误是由网络路由器引起的。
通过绕过路由器，直接连接到互联网，我没有更多像这样的奇怪错误。

• 直接在PHPMYADMIN中运行查询，查看是否遇到错误，如果没有，则检查本地环境（如网络）是否存在问题。