首先，您看到的行为是有意的。selectize.js（selectInput的底层JavaScript库）使用sifter.js（另一个负责搜索行为的JavaScript库）。
sifter的默认设置是根据最佳得分对搜索结果进行排名（字符串开头的匹配项得分高于字符串中间的匹配项）。因此，您可以看到顺序是“混合”的，开头有匹配项的元素得分较高，因此排名较高。
幸运的是，你可以用一点JavaScript来覆盖这种行为。返回结果的顺序可以通过selectize.js的设置中的sortField属性来控制。默认情况下，这等于$order，查看selectize.js的文档，你可以看到，如果没有显式的$score字段，结果将根据$score进行优先排序，然后根据sortField属性中指定的字段进行再排序。
因此，我们所需要的就是在$order之后显式地将$score字段添加到scoreField，这样结果首先根据内在顺序进行排序，然后然后到得分。
最后一块拼图是确定在哪里我们可以称之为自定义JavaScript B/c，原因很明显，在尝试更改其设置之前，输入元素必须已经存在。
我发现最简单的地方是等待shiny发出一个输入元素被绑定的信号。
长话短说，下面是确保搜索结果按顺序显示的代码：

library(shiny)

choices <- c("First choice", "Second choice", "Choice third", "Fourth choice", 
             "Choice fifth")

js <- HTML("
   $(document).on('shiny:bound', function(evt) {
      if (evt.target.id == 'id') {
         evt.target.selectize.settings.sortField = [{field: '$order'}, {field: '$score'}];
      }
   });
"
   
)

ui <- fluidPage(
   singleton(tags$head(tags$script(js))),
   selectizeInput("id", 
                  "My input", 
                  choices = choices,
                  multiple = TRUE,
                  options = list(placeholder = "All choices")
   )
)

server <- function(input, output, session) {

}

shinyApp(ui = ui, server = server)