当我在github仓库中尝试pull request时，我在多个文件中遇到了合并冲突。虽然我知道如何在正常情况下解决合并冲突，但我的情况似乎更复杂。

**Master分支：**我正在合并的Master没有子模块。它依赖于另一个第三方repo的库，但没有将其添加为子模块，而是最初创建了一个快照。假设dir 2是第三方依赖的快照，文件夹结构如下所示：/dir 1/其中不是子模块，而只是快照。
**mybranch发出PR：**现在在我的分支“mybranch”中，我用第三方子模块替换了快照，但它仍然具有相同的结构和相同的文件：/dir 1/其中dir 2现在是子模块

当我从“mybranch”发出PR时，我在主仓库中的几个文件中遇到了合并冲突（没有问题）。为了解决它们，我首先发出“git pull origin master”，当我得到以下错误时：

* branch            master     -> FETCH_HEAD
First, rewinding head to replay your work on top of it...
error: The following untracked working tree files would be overwritten by checkout:
<dir2>/file1
<dir2>/file2
<dir2>/file3
...
..

Please move or remove them before you switch branches.
Aborting
could not detach HEAD

这个问题显然是因为快照（在masterR中）和子模块（在mybranch中）具有相同的文件名，但是git没有检测到它。
如何解决这种情况？谢谢您的帮助
我不是一个GITMaven，所以不想尝试一些大胆的东西，并搞乱了我们的回购状态。