我认为关闭shell.openExternal(url)方法打开的窗口是不可能的，因为它打开了用户默认外部应用程序（如Web浏览器）中的URL，而您没有访问该应用程序的窗口对象的权限。
您可以使用电子的BrowserWindow

const { BrowserWindow } = require('electron');

// Open the URL in a new window
let win = new BrowserWindow({ width: 800, height: 600 });
win.loadURL('https://www.example.com');

// Close the window like this as we have control over it
win.close();

参考：https://www.electronjs.org/docs/latest/api/browser-window