我能想到的主要选择是：

• SQLite
• SQL Server Compact（Linq支持）
• VistaDB（Linq支持）
• SharpHSQL
• Embedded Firebird
• Blackfish SQL

我只是想在这里晚些时候补充更多关于VistaDB的信息。
我们的SQL语法与SQL Server语法非常接近，并且我们包括TSQL和CLR存储过程。
与应用程序在进程中运行，并且您只需为32位和64位（100%托管代码）部署1个程序集。您无法使用SQL CE执行此操作，因为您必须部署不同的非托管程序集。
你可以将VistaDB嵌入到你的应用程序中，甚至ILMERGE，更改数据库名称等，以完全隐藏引擎，不让用户看到（有些人在这方面真实的厉害）。
是的，它也可以在Mono上运行，因为它是100%托管代码。仍然有一些问题（包括非英特尔Mono机器）。
充分披露-我是公司的所有者

看看SQL Server Compact版本。它运行在进程中，它是一个二进制文件，它将数据存储在一个文件中，并且它支持并发（与许多其他嵌入式数据库不同，包括SQLite）。另外，如果您使用Visual Studio，您可能已经拥有它。最后，它可以免费使用和重新分发。

SQL Server Compact Edition是.NET Compact Framework的明智选择。我发现Arcane Code是学习SSCE的非常有帮助的网站。他是SQL Server的MVP，专注于CE。

我真的很喜欢FirebirdSQL我自己（也提到了CMS）。它可以运行嵌入与windows dll的，iirc甚至有一个混合的二进制与核心驱动程序内置在这一点。它与ActiveRecord，以及NHibernate工作得很好。大多数.NET类型Map容易。
与其他选项相比，切换到RDBMS模式的一个优点是，只需更改查询字符串以使用服务器，而不是嵌入式版本。如果您希望将来针对Mono，您也可以在Linux中运行它（不幸的是不是嵌入式模式）。

SQLite绝对是一个流行的数据库，但它是原生C++。如果你正在寻找一个纯.NET DB，那么LiteDB我认为值得考虑：
参见https://tomaskohl.com/code/2020-04-07/trying-out-litedb/和https://www.litedb.org/docs/getting-started/