如果使用管道|，可以将作者行分成多行：

---
title: "The title"
author: | 
  | The author
  | The affiliation
date: "9 April 2015"
output: beamer_presentation
---

输出：

编辑（* 我们可以使用标题和作者/从属关系字体吗？*）：

如果你想改变不同的字体大小，我建议你使用演示文稿标题的includes: in_header选项（查看this RStudio link以了解细节）。
这指向计算机上的一个简单的.tex文件，您可以在其中添加专门用于演示文稿序言的LaTeX命令。因此，您可以在桌面上创建一个名为preamble.tex的文件，并使用\setbeamerfont{XX}{size={\fontsize{YY}{ZZ}}}命令，其中XX是您想要更改的特定内容（标题，作者）;YY是要应用的字体大小;ZZ是跳过行（以pt为单位）（更多细节请参见this link）。
对于你的例子，我们有：

**preamble.tex**文件在您的桌面（或任何您想要的地方），仅包含两行：

\setbeamerfont{title}{size={\fontsize{30}{25}}}
\setbeamerfont{author}{size={\fontsize{5}{20}}}

您的**foo.Rmd**文件：

---
title: "The title"
author: | 
  | The author
  | The affiliation
output:
 beamer_presentation:
   includes:
     in_header: ~/Desktop/preamble.tex
---

## R Markdown

This is an R Markdown presentation. 
Markdown is a simple formatting syntax for 
authoring HTML, PDF, and MS Word documents.

输出将是：

你应该能够有多个作者和机构

title: This is the title
author: 
   - Author Juan$^1$
   - Author Tu$^2$
institute: 
   - $^1$Juans Casa
   - $^2$Tus Place
date: "Thursday, April 09, 2015"
output:
  beamer_presentation

在beamer中处理从属关系的正确方法是通过\institute{}（参见tex.SE上的this answer）。

当前解决方案（pandoc版本〉= 1.17）

从pandoc 1.17开始，institute字段出现在默认的beamer模板中，所以如果你有正确的版本，你需要做的就是：

---
title: "This is the title"
author: "Author"
institute: "Affiliation"
date: "Thursday, April 09, 2015"
---

旧答案

如果您使用的是旧版本的pandoc（〈1.17），或者rmarkdown的默认beamer模板尚未更新，则可能需要使用。要使其与pandoc一起工作，您可以编辑您的beamer模板。如果您尚未编辑它，您可以使用以下命令创建它：

pandoc -D beamer > ~/.pandoc/templates/default.beamer

然后，打开文件并在作者信息之后添加以下内容：

$if(institute)$
\institute[]{$institute$}
$endif$

最后，在yaml中添加institute选项：

---
title: "This is the title"
author: "Author"
institute: "Affiliation"
date: "Thursday, April 09, 2015"
---

如果你使用rmarkdown，你可能需要指定模板：

---
title: "This is the title"
author: "Author"
institute: "Affiliation"
date: "Thursday, April 09, 2015"
output:
  beamer_presentation:
    template: ~/.pandoc/templates/default.beamer
---

与多行作者相比，使用此工具有两个优点。
1.一些beamer主题使用作者字段和/或机构字段，例如在每张幻灯片的底部重复它。2多行作者会把这搞砸。
1.这允许更精细地控制标题幻灯片元素：您可以为作者和从属关系信息设置不同的字体系列和大小，例如：

\setbeamerfont{institute}{size={\fontsize{5}{20}}}

下面的方法也有效，

---
title: "Multiple authors"
author: 
  - John Doe\inst{1}
  - John Roe\inst{2}
institute: 
  - \inst{1} affiliation for John Doe
  - \inst{2} affiliation for John Roe
output: beamer_presentation
---

## Slide 1