lmer模型-访问模型的元素

uqcuzwp8  于 2023-04-18  发布在  其他
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我是一个R初学者,甚至是lmer和混合效果建模的新手。
如果我有一个lmer模型:

model <- lmer(C ~ Group * Time + (1|ID), REML = FALSE, data=data)

如何访问模型的详细信息以便绘制它们?
我知道我可以使用以下任意一种方法来绘制残差与拟合值的关系:

plot(model)

plot(predict(model), resid(model))

但是是否有方法可以访问模型的其他元素/细节?可以访问哪些其他模型元素?我知道我可以使用函数'summary()'来查找随机和固定效应。但是如何绘制模型其他元素的残差,例如固定效应或随机效应的残差?

ee7vknir

ee7vknir1#

当你有这样的疑问,你应该检查包的小插曲,在这种情况下vignette(lme4).只有与表面搜索,我发现这个表,也许是用途:
| 方法|说明|
| --------------|--------------|
| anova|固定效应贡献的分解或模型比较。|
| as.function|函数返回分析的偏差或REML标准。|
| coef|每个水平的随机效应和固定效应之和。|
| confint|线性混合模型参数的置信区间。|
| deviance|减去最大对数似然的两倍(使用REMLcrit作为REML标准)。|
| df.residual|剩余自由度。|
| drop1|从模型中删除允许的单个项。|
| extractAIC|广义Akaike信息准则|
| fitted|给定条件模式的拟合值。|
| fixef|固定效应系数的估计|
| formula|拟合模型的混合模型公式。|
| logLik|最大对数似然|
| model.frame|拟合模型所需的数据。|
| model.matrix|固定效应模型矩阵|
| ngrps|每个分组因子中的水平数。|
| nobs|观察次数。|
| plot|混合模型拟合的诊断图。|
| predict|各种类型的预测值。|
| print|混合模型对象的基本打印输出。|
| profile|各种模型参数的特征似然性。|
| ranef|随机效应的条件模式。|
| refit|(重新)拟合到响应变量的一组新观测值的模型。|
| refitML|用最大似然法拟合的模型。|
| residuals|各种类型的残值。|
| sigma|残差标准差。|
| simulate|来自拟合混合模型的模拟数据。|
| summary|混合模型的总结。|
| terms|混合模型的项表示。|
| update|使用修订公式或其他参数的更新模型。|
| VarCorr|估计的随机效应方差、标准差和相关性。|
| vcov|固定效应估计值的协方差矩阵。|
| weights|模型拟合中使用的先验权重。|

n8ghc7c1

n8ghc7c12#

以下是绘制残差与时间因子的一种方法:

library(broom.mixed)
aa <- augment(model)
boxplot(.resid ~ Time, data = aa)

你也可以使用内置的plot方法(参见help("plot.merMod")):

plot(model, resid(.) ~ Time)
rsl1atfo

rsl1atfo3#

是的,您可以像使用任何其他lmglm对象一样使用summary()函数来评估实际模型。
类似地,你可以像对待数据框一样对待这些对象。
唯一的区别是不使用$,而应该使用@符号。
例如:

lm <- lmer(Petal.Length ~ Sepal.Length * Sepal.Width + (1|Species), data = iris)

lm@frame %>% head()

 Petal.Length Sepal.Length Sepal.Width Species
1          1.4          5.1         3.5  setosa
2          1.4          4.9         3.0  setosa
3          1.3          4.7         3.2  setosa
4          1.5          4.6         3.1  setosa
5          1.4          5.0         3.6  setosa
6          1.7          5.4         3.9  setosa

你可以从这一点探索更深的对象。

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