问题出在以下几行：

struct stack* s;
s->size = 5;
s->top = -1;
s->arr = (int*)malloc(s->size * sizeof(int));

根据->运算符的定义，行

s->size = 5;

相当于：

(*s).size = 5;

这意味着您的代码正在尝试取消引用s指向的对象，并为其成员之一赋值。要使此操作正常工作，指针s必须指向有效对象。然而，情况并非如此。您从未为s赋值，因此它很可能未指向有效对象。
为了让s指向一个有效的对象，你有几个选择。你可以创建一个局部变量，让s指向该对象：

int main( void )
{
    struct stack object;

    struct stack *s = &object;
    s->size = 5;
    s->top = -1;
    s->arr = malloc( s->size * sizeof(int) );

    [...]

或者你可以使用malloc分配必要的内存，并使s指向该内存：

int main( void )
{
    struct stack *s = malloc( sizeof *s );
    s->size = 5;
    s->top = -1;
    s->arr = malloc( s->size * sizeof(int) );

    [...]

或者你可能想让s不是一个指针，而是一个普通对象：

int main( void )
{
    struct stack s;
    s.size = 5;
    s.top = -1;
    s.arr = malloc( s->size * sizeof(int) );

    [...]

与C++相反，在C中，不需要（and also not recommended）强制转换malloc的返回值。
此外，检查malloc的返回值通常是一个好主意，因为否则，如果malloc返回NULL，您的程序可能会崩溃。当malloc返回NULL时，最好退出错误消息，例如：

s.arr = malloc( s->size * sizeof(int) );
if ( s.arr == NULL )
{
    fprintf( stderr, "Memory allocation error!\n" );
    exit( EXIT_FAILURE );
}

此外，当您不再需要内存时，通常应该free内存。

使用未初始化的指针s访问内存

struct stack* s;
s->size = 5;
s->top = -1;

调用未定义的行为。
你可以动态地分配一个struct stack类型的对象，并把它的地址赋给指针s，但是动态地分配对象没有什么意义。
写起来比较简单

struct stack s = { 5, -1, malloc( 5 * sizeof(int) ) };

那么函数isEmpty也可以定义得更简单，如

int isEmpty( const struct stack *ptr ) 
{
    return ptr->top == -1;
}

叫做像

if ( isEmpty( &s ) ) {

当不再需要堆栈时，您需要释放为整数数组分配的内存，如

free( s.arr );

请注意，对于数据成员size和top，最好使用无符号整数类型声明结构堆栈。

struct stack 
{
    size_t size;
    size_t top;
    int *arr;
};

要动态分配结构类型的对象，可以编写一个单独的函数，例如

struct stack * create_stack( size_t size )
{
    struct stack &s = malloc( sizeof( *s ) );

    if ( s != NULL )
    {
        s->size = 0;
        s->top = 0;
        s->arr = NULL;

        if ( size != 0 )
        {
             s->arr = malloc( size * sizeof( int ) );
             if ( s->arr != NULL )
             {
                 s->size = size;
             }
             else
             {
                 free( s );
                 s = NULL;
             }
        }
    }

    return s;
}

在main中你可以写

struct stack *s = create_stack( 5 );
//...

在本例中，函数isEmpty如下所示

int isEmpty( const struct stack *ptr ) 
{
    return ptr->top == 0;
}

并且类似于例如isFull的函数看起来像

int isFull( const struct stack *ptr ) 
{
    return ptr->top == ptr->size;
}

在main中调用函数，如

if ( isEmpty( s ) ) {
//...

和

if ( isFull( s ) ) {
//...

你可以简单地让s不是指针，这样代码就变成如下：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

struct stack {
    int size;
    int top;
    int* arr;
};

int isEmpty(struct stack ptr) {
    if (ptr.top == -1) {
        return 1;
    }
    else {
        return 0;
    }
}

int main()
{
    struct stack s;
    s.size = 5;
    s.top = -1;
    s.arr = malloc(s.size * sizeof(int));

    if (isEmpty(s)) {
        printf("Stack is Empty.");
    }
    else {
        printf("Stack is not Empty");
    }

    return 0;
}