我想对正向和反向读取（双端读取）进行修剪，我已经将它们分配给R1和R2作为输入，但是当我运行以下命令时：

java -jar trimmomatic-0.39.jar PE $read1 $read2 \
lib3.trimmed.paired.R1.fastq.gz lib3.trimmed.unpaired.R1.fastq.gz \
lib3.trimmed.paired.R2.fastq.gz lib3.trimmed.unpaired.R2.fastq.gz \
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:2:True LEADING:3 TRAILING:3 \
MINLEN:36

这是生产出来的东西;

Error: Unable to access jar file trimmomatic-0.39.jar

我可以做些什么来继续，我已经运行了这个命令

conda create -c conda-forge --override-channels -n trimmomatic openjdk

我继续运行这个命令;

wget https://raw.githubusercontent.com/usadellab/Trimmomatic/main/adapters/TruSeq3-PE.fa

下载trimmomatic-0.39.zip文件。它在Linux终端上下载失败。我不得不复制URL并将其粘贴到Web浏览器中，然后将文件下载到Windows系统上的下载文件夹中。我运行Linux的Windows子系统，但由于我希望该文件在Linux系统上，我运行此命令将其转移到Linux上的一个文件夹中，我将其命名为metagenomics;我忍受我是在根和运行这个命令;cd mnt/c/Users/Student/Downloads，现在使用以下命令将压缩文件压缩到linux;

mv Trimmomatic-0.39.zip ~/metagenomicsi

我运行cd返回主目录。
我去解压缩Trimmomatic-0.39.zip文件夹，其中有.jar文件。我运行了conda activate Trimmomatic命令和后来的conda deactive命令，但仍然当我运行这个命令;

java -jar trimmomatic-0.39.jar PE $read1 $read2 \
lib3.trimmed.paired.R1.fastq.gz lib3.trimmed.unpaired.R1.fastq.gz \
lib3.trimmed.paired.R2.fastq.gz lib3.trimmed.unpaired.R2.fastq.gz \
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:2:True LEADING:3 TRAILING:3 \
MINLEN:36

它不能按预期运行，我需要帮助。