在我的情况下，删除/build文件夹解决了这个问题。

“再次声明：MyApplication”你看到上面的错误，因为它存在于主要和你的味道或变体
方法应该是类或文件你想改变不应该在主使该文件的副本，并将它们添加到风味或变体，并做你想看到的变化。

您可以尝试以这种方式实现Gradle。在Build.gradle中：

buildTypes {
    release {
        debuggable false
        minifyEnabled true
        zipAlignEnabled true
        proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
    }
    debug {
        debuggable true
        zipAlignEnabled false
        minifyEnabled false
        proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
    }
  }

  productFlavors {
    mock {
        minSdkVersion 17
        applicationId 'com.test.mock'
        targetSdkVersion 23
        testInstrumentationRunner 'android.support.test.runner.AndroidJUnitRunner'
        versionCode 1
        versionName '1.0'
    }
    dev {
        minSdkVersion 17
        applicationId 'com.test.dev'
        targetSdkVersion 23
        testInstrumentationRunner 'android.support.test.runner.AndroidJUnitRunner'
        versionCode 1
        versionName '1.0'
    }
    prod {
        minSdkVersion 17
        applicationId 'com.test.prod'
        targetSdkVersion 23
        testInstrumentationRunner 'android.support.test.runner.AndroidJUnitRunner'
        versionCode 1
        versionName '1.0'
    }
}

所以，现在你可以有这样的文件夹结构：

/src/mock/Application.kt
  /src/dev/Application.kt
  /src/prod/Application.kt

因此，一旦您构建了项目，请从BuildVariant选项卡中选择变体，以便它将采用相应的Application.kt。
希望这将有助于解决您的问题。

正如文档中所指定的，您必须从主包中删除该类。

您应该只看到debug或releasejava 文件夹为“sources root”取消标记未活动的文件夹。在android studio中，右键单击Java文件夹-〉将目录标记为-〉取消标记为源根

正如这里所解释的，你不能这样做。你需要使用main以外的另一个源文件夹。
注意事项：对于给定的构建变体，如果Gradle遇到两个或多个源集目录定义了相同的Kotlin或Java类，则会抛出构建错误。例如，在构建调试应用时，不能同时定义src/debug/Utility.kt和src/main/Utility.kt，因为Gradle在构建过程中会同时查看这两个目录，并抛出“重复类”错误。如果您需要不同版本的Utility。kt对于不同的构建类型，每个构建类型必须定义自己的文件版本，并且不将其包含在main/ source集中。