假设我有一个Nextflow工作流：
#!/usr/bin/env nextflow
nextflow.enable.dsl=2
process f_to_c {
input:
val f
output:
stdout
script:
"""
gettemp.R $f
"""
}
workflow {
Channel.of(80,60) | f_to_c | view
}bin目录中的gettemp.R代码：
#!/usr/bin/env Rscript
source("lib/farenheit_to_celcius.R")
args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
cat(fahrenheit_to_celsius(args[[1]]))lib/farenheit_to_celcius.R包含：
fahrenheit_to_celsius <- function(farenheit) {
return((as.numeric(farenheit) - 32) * 5 / 9)
}当执行工作流时，我得到：
cannot open file 'lib/farenheit_to_celcius.R': No such file or directory我理解为什么，因为Nextflow在每个工作目录中执行gettemp.R。但是我怎么才能在不同的R脚本中调用函数呢？看起来source不是一个好的选择，所以更好的选择可能是用函数创建我自己的库。但是，是否有可能让Nextflow在执行过程中自动安装/更新自定义库？
1条答案
按热度按时间czfnxgou1#
有几个问题使得这个问题变得重要，其中之一是R解析所有相对于当前工作目录的文件路径。* 源文件依赖项除外 *。
source基本上不支持解析相对于当前执行文件的另一个源文件的路径，并且核心R没有很好的方法来解决这个限制。但是，如果你使用‘box’ modules，这就可以了。
在你的特殊情况下，你会改变路线
到
（
box::use用于声明导入;它的逗号分隔参数是包或模块规范，[...]表示“附加模块的所有导出名称”，这与source的作用大致相同。）要将
lib/farenheit_to_celcius.R变成一个模块，你需要在函数上面添加一个导出声明：