pandas 绘制箱线图时如何处理NaN值

krcsximq  于 2023-04-28  发布在  其他
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我正在使用matplotlib绘制一个方框图,但是有一些缺失值(NaN)。然后我发现它没有显示具有NaN值的列中的方框图。你知道如何解决这个问题吗?这里是代码。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

#==============================================================================
# open data
#==============================================================================
filename='C:\\Users\\liren\\OneDrive\\Data\\DATA in the first field-final\\ks.csv'

AllData=np.genfromtxt(filename,delimiter=";",skip_header=0,dtype='str')

TreatmentCode = AllData[1:,0]
RepCode = AllData[1:,1]
KsData= AllData[1:,2:].astype('float')
DepthHeader = AllData[0,2:].astype('float')
TreatmentUnique = np.unique(TreatmentCode)[[3,1,4,2,8,6,9,7,0,5,10],]
nT = TreatmentUnique.size#nT=number of treatments
#nD=number of deepth;nR=numbers of replications;nT=number of treatments;iT=iterms of treatments
nD = 5
nR = 6
KsData_3D = np.zeros((nT,nD,nR)) 

for iT in range(nT):
    Treatment = TreatmentUnique[iT]

    TreatmentFilter = TreatmentCode == Treatment

    KsData_Filtered = KsData[TreatmentFilter,:]
    
    KsData_3D[iT,:,:] = KsData_Filtered.transpose()iD = 4
                      
fig=plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
plt.boxplot(KsData_3D[:,iD,:].transpose())
ax.set_xticks(range(1,nT+1))
ax.set_xticklabels(TreatmentUnique)
ax.set_title(DepthHeader[iD])

这是最后的数字和一些治疗方法在框中缺失。

jgwigjjp

jgwigjjp1#

您可以先从数据中删除NaN s,然后绘制过滤后的数据。
为此,您可以首先使用np.isnan(data)找到NaN s,然后使用~执行该布尔数组的按位求逆:按位求逆运算符。使用它来索引数据数组,然后过滤掉NaN s。

filtered_data = data[~np.isnan(data)]

在一个完整的例子中(改编自here

python 3.10matplotlib 3.5.1seaborn 0.11.2numpy 1.21.5pandas 1.4.2中测试

一维数据:

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

# fake up some data
np.random.seed(2022)  # so the same data is created each time
spread = np.random.rand(50) * 100
center = np.ones(25) * 50
flier_high = np.random.rand(10) * 100 + 100
flier_low = np.random.rand(10) * -100
data = np.concatenate((spread, center, flier_high, flier_low), 0)

# Add a NaN
data[40] = np.NaN

# Filter data using np.isnan
filtered_data = data[~np.isnan(data)]

# basic plot
plt.boxplot(filtered_data)

plt.show()

二维数据:

对于2D数据,你不能简单地使用上面的掩码,因为数据数组的每一列都有不同的长度。相反,我们可以创建一个列表,列表中的每一项都是数据数组每一列的过滤数据。
一个列表解析可以在一行中做到这一点:[d[m] for d, m in zip(data.T, mask.T)]

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

# fake up some data
np.random.seed(2022)  # so the same data is created each time
spread = np.random.rand(50) * 100
center = np.ones(25) * 50
flier_high = np.random.rand(10) * 100 + 100
flier_low = np.random.rand(10) * -100
data = np.concatenate((spread, center, flier_high, flier_low), 0)

data = np.column_stack((data, data * 2., data + 20.))

# Add a NaN
data[30, 0] = np.NaN
data[20, 1] = np.NaN

# Filter data using np.isnan
mask = ~np.isnan(data)
filtered_data = [d[m] for d, m in zip(data.T, mask.T)]

# basic plot
plt.boxplot(filtered_data)

plt.show()

我将把它作为一个练习留给读者来扩展到3维或更多维,但你会得到这个想法。
上面的解决方案是如何单独使用matplotlib来实现这一点。其他替代方案(在后台使用matplotlib)也可以内置此行为,因此不需要自己过滤数据。
1.使用seaborn,这是matplotlib的高级API。seaborn.boxplot在后台过滤NaN

import seaborn as sns

sns.boxplot(data=data)

1D

二维

1.使用pandas。如果从df.plot(kind='box')打印pandas,则NaN也会被忽略,pandas使用matplotlib作为默认打印后端。

import pandas as pd

df = pd.DataFrame(data)

df.plot(kind='box')

1D

二维

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