它与color和geom_point()的shape有关。
原来，ggplot2中geom_point()的color是点的边框颜色。这就是为什么第二个代码行呈现的结果。
但是，使用fill指定特定的shape时，可以使用黑色border渲染彩色填充点。
下面是一个iris数据的例子。

library(ggplot2)
iris |> 
  ggplot(aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width))+
  geom_point(aes(fill=Species), color="black",shape=21, size=7,
             stroke =1)

创建于2023-05-01使用reprex v2.0.2
此外，您可以在此处检查点的符号。

ggpubr::show_point_shapes()
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.

创建于2023-05-01使用reprex v2.0.2

您希望将 condition 变量Map到点的填充美学，并使颜色为黑色。为此，您还需要为点选择不同的形状，例如shape = 21

library(ggplot2)

ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, fill = factor(cyl))) +
  geom_point(shape = 21, color = 'black')

创建于2023-05-01使用reprex v2.0.2

您可以在图中使用两个geom_point图层，并且形状应该设置在shape=1或shape=21等上。下面是一个例子：

library(ggplot2)
df <- data.frame(
  x=rnorm(10),
  y=rnorm(10),
  id=sample(c('red','green','blue'),10,replace = T)
)
ggplot(df, aes(x=x, y=y)) + 
  geom_point(aes(colour=id), size=12, show.legend = F) + 
  geom_point(shape = 21, size = 12, colour = "black")

输出为：