我是R的新手，我试图用read_csv打开多个文件。我已经尝试了以下方法，但它们总是为大多数样本返回空列，除了第一个（原始数据看起来不错）。
# Importing multiple csv files at once - returns empty columns for most samples
setwd("~/Desktop/cardio_metabolism_annotated_counts/asdf RNA seq/raw_data")
install.packages('data.table')
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(data.table)
df <-
list.files(path = "/Users/asdf/Desktop/cardio_metabolism_annotated_counts/asdf RNA seq/raw_data/", pattern = "*.csv") %>%
map_df(~fread(.))
head(df)
# Using tidyverse - second method
library(tidyverse)
df <-
list.files(path = "~/Desktop/nox4_cardio_metabolism_annotated_counts/Nox4 RNA seq/raw_data/", pattern = "*.csv") %>%
map_df(~read_csv(.))
df这是我运行第一个后得到的一个例子：
The downloaded binary packages are in
/var/folders/9w(...)aded_packages
> library(tidyverse)
> library(dplyr)
> library(data.table)
> df <-
+ list.files(path = "/Users/asfd/Desktop/_cardio_metabolism_annotated_counts/ RNA seq/raw_data/", pattern = "*.csv") %>%
+ map_df(~fread(.))
>
> head(df)
GeneID Length R210808_2459_Tg_counts R210809_2459_Tg_counts R210810_2460_Tg_counts
1: 4933401J01Rik 1070 0 NA NA
2: Gm26206 110 0 NA NA
3: Xkr4 6094 0 NA NA
4: Gm18956 480 0 NA NA
5: Gm37180 2819 0 NA NA
6: Gm37363 2233 1 NA NA
R210811_2460_Tg_counts R210812_2461_WT_counts R210813_2461_WT_counts R210814_2462_Tg_counts
1: NA NA NA NA
2: NA NA NA NA
3: NA NA NA NA
4: NA NA NA NA
5: NA NA NA NA
6: NA NA NA NA因此，我的问题是如何摆脱NA值，以及是否有可能将每个csv文件的计数列合并到一个文件中。
谢啦
萨拉
1条答案
按热度按时间gstyhher1#
如果所有文件都有3列，则可以使用类似于以下内容的代码：
这将返回一个
data.table，其中列已更正。您可以更改名称等。什么更适合你要获得更详细的解决方案，您可以在使用
fread加载文件后将其发布编辑：
我们也可以只看一个表，我们可以以典型的
fread方式加载它。因为我没有你的文件，我将只是弥补一些数据，并假设你有一个类似的结构（也许不同的名称）。所以这是你用
fread读入数据之后的部分。lapply部分会检查文件列表，应用其中的函数，加载数据，转换数据并返回列表。然后rbindlist将列表折叠成一个包含所有信息的data.table。