请参阅文档：
fill()将数组的所有值更改为静态value。[...]注意数组中的所有元素都是这个精确值：如果value是一个对象，则数组中每个插槽都将引用该对象。
这意味着在你的每一行中，你将引用相同的对象（= Array，记住：数组是JavaScript中的对象），这意味着你总是改变同一个数组，导致最后一次改变是你可以通过打印它来观察的。

const string1 = "abc";
const string2 = "abcd";

const matrix = new Array(string1.length).fill(new Array(string2.length).fill(0));

for (let i = 0; i < string1.length; i++) {
  for (let j = 0; j < string2.length; j++) {
    matrix[i][j] = i;
  }
}

console.log(JSON.stringify(matrix));
// Prove that they are actually the same reference => same object
console.log(matrix[0] === matrix[1]) // true

可以使用以下方法初始化数组。

const string1 = "abc";
const string2 = "abcd";

const matrix = [...new Array(string1.length)].map((_, i) => new Array(string2.length).fill(i));

console.log(JSON.stringify(matrix));

// now we have different references => different objects
console.log(matrix[0] === matrix[1]) // returns false

问题是在发布的代码中，对

.fill(new Array(string2.length)

在计算fill的参数时创建一个数组，这意味着fill将调用它的数组的所有元素设置为同一个Array对象。
这样，这个代码片段创建第二维数组只涉及为matrix的第一维数组创建一个数组：

const string1 = "abc";
const string2 = "abcd";
const matrix = new Array(string1.length).fill(0);
matrix.forEach( (_, i, rows) => rows[i] = new Array(string2.length).fill(i));
console.log( matrix)

console.log("\nSee note about spread for this: ", [...new Array(string1.length)]);

注意事项

• 数组原型方法（如forEach和map）不处理它们所调用的数组中的空槽（即它们跳过尚未被分配值的数组条目）。
• 代码段中matrix声明末尾的fill(0)调用确保其插槽都不为空。（它可以使用不带参数的fill()来用undefined填充空插槽）。
• 使用spread语法从一个数组初始化另一个数组，将 * spread数组中的空槽 * 转换为初始化数组中值为undefined的元素，这一点很有趣，但在代码片段中没有使用。

也许下面的解决方法将有助于获得最终结果。

const string1 = "abc";
const string2 = "abcd";

const matrix = [];

for (let i = 0; i < string1.length; i++) {
    const arrayJ = [];
    for (let j = 0; j < string2.length; j++) {
        arrayJ.push(i);
    }
    matrix.push(arrayJ);
}

console.log(matrix);