在版本1.9.6中修复了一个错误，该错误引入了此缺点（请参阅新闻1.9.6，错误修复#1）。
应该在函数结束时调用DT[]来防止这种行为。

myfunction <- function(dt) {
    dt[, z := y - x][]
}
myfunction(mydt)  # prints immediately
#    x y z
# 1: 1 5 4
# 2: 2 6 4
# 3: 3 7 4

这在data.table FAQ 2.23中有描述：

为什么使用:=将结果打印到控制台后，有时需要输入两次DT？

这是让#869工作的一个不幸的缺点。如果:=在函数内使用，而在函数结束之前没有DT[]，则下次在提示符下键入DT时，将不会打印任何内容。将打印重复的DT。要避免这种情况：在函数中的最后一个:=之后包含DT[]。如果这是不可能的（例如，它不是一个你可以改变的函数），那么print(DT)和DT[]在提示符下保证打印。和前面一样，在:=查询的末尾添加一个额外的[]是一个推荐的更新然后打印的习惯用法;例如> DT[,foo:=3L][]。

我很抱歉，如果我不应该在这里张贴的东西，这不是一个答案，但我的职位是太长的评论。
我想指出的是，janosdivenyi在dt后面加上一个尾随[]的解决方案并不总是给予预期的结果（即使在使用data.table 1.9.6或1.10.4时）。
下面的例子表明，如果dt是函数中的最后一行，则在不存在尾随[]的情况下获得所需的行为，但是如果dt不在函数中的最后一行，则需要尾随[]来获得所需的行为。
第一个例子显示，如果dt上没有尾随的[]，则当dt位于函数的最后一行时，我们将获得预期的行为

mydt <- data.table(x = 1:3, y = 5:7)

myfunction <- function(dt) {
  df <- 1
  dt[, z := y - x]
}

myfunction(mydt)  # Nothing printed as expected

mydt  # Content printed as desired
##    x y z
## 1: 1 5 4
## 2: 2 6 4
## 3: 3 7 4

在dt上添加尾随[]会出现意外行为

mydt <- data.table(x = 1:3, y = 5:7)

myfunction <- function(dt) {
  df <- 1
  dt[, z := y - x][]
}

myfunction(mydt)  # Content printed unexpectedly
##    x y z
## 1: 1 5 4
## 2: 2 6 4
## 3: 3 7 4

mydt  # Content printed as desired
##    x y z
## 1: 1 5 4
## 2: 2 6 4
## 3: 3 7 4

将df <- 1移动到dt之后，而不使用尾随[]，会产生意外行为

mydt <- data.table(x = 1:3, y = 5:7)

myfunction <- function(dt) {
  dt[, z := y - x]
  df <- 1
}

myfunction(mydt)  # Nothing printed as expected

mydt  # Nothing printed unexpectedly

将df <- 1移动到dt之后，并尾随[]，即可获得预期的行为

mydt <- data.table(x = 1:3, y = 5:7)

myfunction <- function(dt) {
  dt[, z := y - x][]
  df <- 1
}

myfunction(mydt)  # Nothing printed as expected

mydt  # Content printed as desired
##    x y z
## 1: 1 5 4
## 2: 2 6 4
## 3: 3 7 4