在非ORM的世界中，一个干净的架构将（或可能）涉及到DAO接口，DAO实现知道如何从数据库（或任何其他源）检索数据，并将其转换为域对象并返回。上层将使用DAO（通过接口）检索这些对象。
这将允许您为不同的数据库创建不同的DAO实现，并且您可以更改数据库，而无需打扰软件的其余部分。
在JPA/ORM的世界里，如果你愿意，你可以绕过很多。您可以使用实体类作为域对象，以数据库不可知的方式创建实体类（即例如，不使用任何数据库特定的NativeQueries）。既然您的实体与数据库无关，您可以在服务层中使用NamedQueries，而不是创建DAO。
最后，您需要有一些了解数据库的层，但在JPA的情况下，它甚至不成立。您的实体是Java对象，JPA实现层负责将它们转换为数据库或从数据库转换。
结论：在软件开发中很少有普遍真理，你可以和十几个叔叔交谈，听到十几个版本的基本相同的“故事”。

我认为您的域层应该保持不使用JPA注解。将来，您可以用NoSQL实现替换JPA实现，这将使JPA注解变得无关紧要。
您可以在持久层中使用JPAorm.xml来定义Map，而不是JPA注解。这将使您的域层保持干净。