matplotlib 如何使用Rdkit使焊接线更厚

avkwfej4 于 2023-05-18 发布在其他

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我正在使用RDkit绘制二维分子。我试图使用DrawingOptions.bondLineWidth来控制焊接厚度，但它似乎不起作用（焊接线保持相同的厚度，无论我设置它的值）。你知道吗？

from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import DrawingOptions
import matplotlib.pyplot as plt

DrawingOptions.atomLabelFontSize = 55
DrawingOptions.dotsPerAngstrom = 100
DrawingOptions.bondLineWidth = 10.0

mol = Chem.MolFromSmiles('CC(C)(C)c1cc(O)ccc1O')
img = Draw.MolToImage(mol, size=(1000, 1000), fitImage=True, kekulize=False, fitWidth=True)
fig, ax = plt.subplots()
ax.imshow(img)
ax.grid(False)
ax.axis('off')
plt.show()

matplotlib

来源：https://stackoverflow.com/questions/76221272/how-to-make-bond-lines-thicker-with-rdkit

1条答案

按热度按时间

4szc88ey1#

我在这里发现DrawingOptions被MolToImage弃用并忽略，而支持MolDrawOptions。我更新了代码，这是使用rdkit==2022.9.4

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
import matplotlib.pyplot as plt

opts = Draw.MolDrawOptions()
opts.bondLineWidth = 5.

mol = Chem.MolFromSmiles('CC(C)(C)c1cc(O)ccc1O')
img = Draw.MolToImage(mol, size=(500, 500), options=opts)
fig, ax = plt.subplots()
ax.imshow(img)
ax.grid(False)
ax.axis('off')
plt.show()

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