尝试以下解决方案：
注意：在应用任何git更改之前，请确保您有必要文件的备份。
使用git对象创建一个TreeWalk，它允许你遍历仓库的树并找到你感兴趣的子目录。将起始路径指定为存储库的根目录：

try (Git git = Git.open(LOCAL_REPOSITORY_PATH.toFile())) {
    Repository repository = git.getRepository();

    // Get the tree for the repository's HEAD commit
    RevWalk revWalk = new RevWalk(repository);
    RevCommit commit = revWalk.parseCommit(repository.resolve(Constants.HEAD));
    RevTree tree = commit.getTree();

    // Create a TreeWalk starting from the root of the repository
    TreeWalk treeWalk = new TreeWalk(repository);
    treeWalk.addTree(tree);
    treeWalk.setRecursive(true);
    
    // Specify the path of the subdirectory you want to check out
    treeWalk.setFilter(PathFilter.create("foo/bar"));

    if (!treeWalk.next()) {
        throw new IllegalStateException("Subdirectory not found");
    }

    // Get the ObjectId of the subdirectory's tree
    ObjectId subdirectoryTreeId = treeWalk.getObjectId(0);
    treeWalk.close();
    
    // Create a new Git object with the shallow, bare repository
    Git subGit = new Git(repository);

    // Checkout the subdirectory's tree to a temporary directory
    Path temporaryDirectory = Files.createTempDirectory("subdirectory");
    subGit.checkout().setStartPoint(subdirectoryTreeId.getName()).setAllPaths(true).setForce(true).setTargetPath(temporaryDirectory.toFile()).call();

    // Now you can use the Java file system API to process the files in the temporary directory
    
    // Clean up the temporary directory when you're done
    FileUtils.deleteDirectory(temporaryDirectory.toFile());
}

在上面的代码中，我们使用TreeWalk遍历存储库的树并找到您指定的子目录（foo/bar）。然后获取子目录树的ObjectId，并使用仓库创建一个新的Git对象。最后，我们使用checkout（）将子目录的树检出到一个临时目录，您可以使用Java文件系统API来处理该目录中的文件。完成后不要忘记清理临时目录。
请注意，代码假设您已经有了必要的JGit和Java IO导入。

受another answer的启发，我能够获得一个单深度克隆，并只检出一个路径，而不需要执行裸克隆，同时使用类似的最小文件系统空间。这种方法的好处是只需要一个顶级目录;另一方面，裸存储库方法需要手动遍历并保存到单独的下拉级目录。
关键是使用setNoCheckout(true)（除了setDepth(1)之外），然后在克隆后手动执行单独的 checkout ，指定所请求的路径。* 请注意，您必须指定setStartPoint("HEAD")或指定哈希起点，因为还没有 checkout ，所以不会有分支。*

try (final Git git = Git.cloneRepository()
    .setURI(REMOTE_REPOSITORY_URI.toASCIIString())
    .setDirectory(LOCAL_RESPOSITORY_PATH.toFile())
    .setNoCheckout(true)
    .setDepth(1)
    .call()) {

  gitRepository.checkout()
    .setStartPoint("HEAD")
    .addPath("foo/bar")
    .call();

}

这似乎工作得很好！我可以想象它在引擎盖下使用类似于Satyajit Bhatt's answer的东西。