在File Types设置中选中“忽略的文件和文件夹”：

文件|设置|编辑|文件类型适用于Windows和Linux
IntelliJ IDEA|首选项|编辑|文件类型适用于OS X

然后在底部的文本框中添加***.iml;*.idea;**：

http://blogs.jetbrains.com/idea/2011/04/intellij-idea-does-not-show-some-files-know-the-hiding-places/

对于OS X 10.9上的Intellij IDEA 13，请执行以下操作：

• 转到Intellij IDEA > Preferences。
• 向下滚动到IDE Settings部分，转到File Types。
• 将*.iml和.idea添加到此窗口底部的Ignore files and folders列表框中。

项目导航器将更干净！
我希望它有帮助！

• 转到File-> Settings-> File Types
• 将*.iml添加到“忽略文件和文件夹”（位于对话框底部）下方的列表中

Mac OS X上的IntelliJ 14和15（他们在14中再次更改了层次结构）：

• 转到IntelliJ IDEA-> Preferences-> Editor-> File Types
• 将*.iml添加到“忽略文件和文件夹”（位于对话框底部）下方的列表中

对于Windows上的IntelliJ 14，请转到File->Settings->Editor->File Types。在底部，追加;.idea;*.iml。

而不是隐藏的文件排除他们像文件夹似乎是更好的方式对我来说。
转到File> Project Structure...> Settings> Modules
底部是一个框，您可以在其中输入文件类型：

现在您可以使用项目“显示选项菜单”来隐藏和显示它们：

macOS Sierra 10.12.4上的IntelliJ IDEA 2017.1.2 Ultimate

解决方案：
在文件类型设置中选中“忽略的文件和文件夹”：
如accepted answer中所述，位于new UI中，如下所示：

转到文件->设置->文件类型