python HDF5在brew更新和升级后出现问题

cgh8pdjw  于 2023-06-04  发布在  Python
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我是M1用户,目前使用Python 3.9.10。
我试着更新lib。特别是对于Python 3.9.12和HDF5。我重新安装了h5py。我试过了。

brew update & upgrade
brew reinstall hdf5
export HDF5_DIR=/opt/homebrew/Cellar/hdf5/1.13.0/
pip install h5py --upgrade --no-dependencies --force

已完成所有升级。但是,当我尝试代码时遇到了这样的错误消息,基于以前的构建环境,它没有错误。

>     import h5py
>  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/h5py/__init__.py", line 25, in  <module>
>    from . import _errors
> ImportError: dlopen(/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/h5py/_errors.cpython-39- darwin.so, 0x0002): Library not loaded: /opt/homebrew/opt/hdf5/lib/libhdf5.300.dylib
>  Referenced from: /opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/h5py/_errors.cpython-39-darwin.so
>  Reason: tried: '/opt/homebrew/opt/hdf5/lib/libhdf5.300.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libhdf5.300.dylib' (no such file), '/usr/lib/libhdf5.300.dylib' (no such file), '/opt/homebrew/Cellar/hdf5/1.12.1_1/lib/libhdf5.300.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libhdf5.300.dylib' (no such file), '/usr/lib/libhdf5.300.dylib' (no such file)

如上所示,hdf5_dir在brew upgrade之后的1.12.1_1上得到了修复,即使我已经安装了1.13.0,直到尝试brew upgrade才出现问题。请帮助我,如果有人知道是什么造成的问题,以及如何解决它。
先谢谢你了。

xxb16uws

xxb16uws1#

以下为我工作。首先,卸载h5pyhdf5(也删除了我的pip缓存,但不知道这是如何相关).那就跑吧

> brew install hdf5
> export HDF5_DIR="$(brew --prefix hdf5)"
> pip install --no-binary=h5py h5py
x8diyxa7

x8diyxa72#

对我来说,brew安装不起作用。以下工作发挥了作用:

pip uninstall h5py
pip install h5py

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