一种方法是在开始处添加另一个match，以跳过source
要跳过B，可以在末尾省略。

{$match:{ ref:{$exists:true}}}

它将只考虑ref现有文档。
play

db.A.aggregate([
  {
    "$match": {
      ref: {
        $exists: true
      }
    }
  },
  {
    "$lookup": {
      "from": "B",
      "localField": "ref",
      "foreignField": "_id",
      "as": "output"
    }
  }
])

但如果没有特定的用例，则不需要这样做，因为它不会产生太大影响。

我找到了文档没有被选中，因为我使用了$unwind-如果我们试图在空数组上执行此操作，它将不会返回文档。这就是解决办法

{
  $unwind: {
    path: "$ref",
    preserveNullAndEmptyArrays: true
  }
}

而不是：

{
  $unwind: "$ref"
}

我从这个答案中找到了preserveNullAndEmptyArraysHow to get all result if unwind field does not exist in mongodb

如果本地字段不存在，则应该在lookup的子查询管道中匹配零个文档。可以通过使用$cond操作符并将null传递给$match stage（如果字段不存在，则$type操作符返回'missing'）来实现：

{
  $lookup: {
    from: 'collectionB',
    let: {
      ref: '$ref'
    },
    pipeline: [
      {$match: {
        $expr: {
          $cond: {
            if: { $eq: [{ $type: "$$ref" }, "missing"] },
            then: {$literal: null},
            else: {$eq: ['$_id', '$$ref']}
          }
        }
      }}
    ],
    as: 'someData'
  }
}

一个相关的答案是here。