一个安全的解决方案是使用具有line annotation的插件chartjs-plugin-annotation。
y2轴底部的直线可以通过以下选项获得：

options:{
    // other options .....
    plugins: {
        // other plugins .... 
        annotation: {
            annotations: {
                line_y2_bottom: {
                    type: 'line',
                    scaleID: 'y2',
                    value: function({chart}, props){
                        const scale = chart.scales[props.scaleID];
                        return scale.getValueForPixel(scale.bottom - 1) || scale.min;
                    },
                    borderColor: 'black',
                    borderWidth: 3,
                },
            }
        }
    }
}

如果先验已知，则value可以设置为固定数值。然而，value以及大多数其他属性是可脚本化的，这在这种情况下是一个很大的优势，当轴具有offset: true时，因此实际的最小值（以及最大值）不仅由数据决定，而且还由使所有轴适合可用空间的目标决定。
在上面的例子中，id是任意的，我选择它对人类有意义，唯一的要求是每个注解都有不同的id。
在每个图表底部绘制一条线的最小代码段示例：

const x = Array.from({length: 101}, (_, i)=>({x: i/100}));
const data = {
    datasets: [
        {
            data: x.map(({x})=>({x, y: Math.exp(x+1)})),
            borderColor: 'red',
            yAxisID: 'y1'
        },
        {
            data: x.map(({x})=>({x, y: Math.exp(-x+1)})),
            borderColor: 'blue',
            yAxisID: 'y2',
        },
        {
            data: x.map(({x})=>({x, y: Math.sin(x+1)})),
            borderColor: 'green',
            yAxisID: 'y3',
        }
    ]
};
const config = {
    type: 'line',
    data: data,
    options: {
        responsive: true,
        aspectRatio: 1,
        plugins: {
            legend: {
                display: false,
            },
            annotation: {
                annotations: Object.fromEntries(['y1', 'y2', 'y3'].map(
                    scaleID => [
                        `line_${scaleID}_bottom`,
                        {
                            type: 'line',
                            scaleID,
                            value: function({chart}, props){
                                const scale = chart.scales[props.scaleID];
                                return scale.getValueForPixel(scale.bottom-1) || scale.min;
                            },
                            borderColor: 'black',
                            borderWidth: 3,
                        }
                    ])
                )
            }
        },

        scales: {
            x: {
                type: 'linear',
            },
            y1: {
                stack: 'demo',
                offset: true,
                stackWeight: 1,
            },
            y2: {
                stack: 'demo',
                stackWeight: 2,
                border:{
                    color: 'black',
                    width: 2
                },
                offset: true
            },
            y3: {
                stack: 'demo',
                offset: true,
                stackWeight: 1
            }
        }
    },
};
new Chart(document.querySelector('#chart1'), config);

<div style="width: 95vw">
   <canvas id="chart1"></canvas>
</div>

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<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/chartjs-plugin-annotation/3.0.1/chartjs-plugin-annotation.min.js" integrity="sha512-Hn1w6YiiFw6p6S2lXv6yKeqTk0PLVzeCwWY9n32beuPjQ5HLcvz5l2QsP+KilEr1ws37rCTw3bZpvfvVIeTh0Q==" crossorigin="anonymous" referrerpolicy="no-referrer"></script>