如何使用sf真实地计算球面Voronoi图?

wz1wpwve  于 2023-06-19  发布在  其他
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bounty还有7天到期。回答此问题可获得+100声望奖励。Arthur Welle正在寻找这个问题的最新答案:这个问题是从2021年开始的,因为也许有一种更新的方法来解决这个问题(我仍然对答案感兴趣,如果有的话,用R完成)。

我想用voronoi镶嵌来制作一个世界Map,它使用了世界的球形特性(而不是它的投影),类似于this using D3.js,但使用了R。
据我所知(“Goodbye flat Earth, welcome S2 spherical geometry”),sf软件包现在完全基于s2软件包,应该可以按照我的需要执行。但我不认为我得到的结果如预期。一个可重复的例子:

library(tidyverse)
library(sf)
library(rnaturalearth)
library(tidygeocoder)

# just to be sure
sf::sf_use_s2(TRUE)

# download map 
world_map <- rnaturalearth::ne_countries(
                scale = 'small', 
                type = 'map_units',
                returnclass = 'sf')

# addresses that you want to find lat long and to become centroids of the voronoi tessellation 
addresses <- tribble(
~addr,
"Juneau, Alaska" ,
"Saint Petersburg, Russia" ,
"Melbourne, Australia" 
)

# retrive lat long using tidygeocoder
points <- addresses %>% 
          tidygeocoder::geocode(addr, method = 'osm')

# Transform lat long in a single geometry point and join with sf-base of the world
points <- points %>% 
          dplyr::rowwise() %>% 
          dplyr::mutate(point = list(sf::st_point(c(long, lat)))) %>% 
          sf::st_as_sf() %>% 
          sf::st_set_crs(4326)

# voronoi tessellation
voronoi <- sf::st_voronoi(sf::st_union( points ) ) %>% 
     sf::st_as_sf() %>% 
     sf::st_set_crs(4326)

# plot
ggplot2::ggplot() +
    geom_sf(data = world_map,
            mapping = aes(geometry = geometry), 
            fill = "gray95") +
    geom_sf(data = points,
            mapping = aes(geometry = point),
            colour = "red") +
    geom_sf(data = voronoi,
            mapping = aes(geometry = x),
            colour = "red",
            alpha = 0.5)

整个南极洲应该比其他两个点更靠近墨尔本。我错过了什么?如何使用sf计算球面上的voronoi *?

hjzp0vay

hjzp0vay1#

(This答案不会告诉你如何去做,但会告诉你哪里出了问题。)
当我运行这个代码时
警告消息:在st_voronoi.sfc(sf::st_union(points))中:st_voronoi未正确三角测量经度/纬度数据
通过深入研究代码,看起来这是一个已知的限制。查看CPL_geos_voronoi的C代码,它看起来像是直接调用GEOS方法来构建Voronoi图。打开一个sf issue来表明这是一个你会重视的功能可能是值得的(如果没有人告诉开发人员特定的功能是有用的,他们不会得到优先级......)GEOS不会自动计算球面几何,这并不让我感到惊讶。虽然S2的代码基是mentions Voronoi diagrams in a variety of places,但它看起来不像是GEOS算法的替代品。对于球面Voronoi图,在其它语言中存在多种实现(例如,Python),但可能得有人把它们移植到R(或C)...
如果我真的需要这样做,我可能会尝试找出如何从R中调用Python代码(将数据从sf导出为Python需要的任何格式,然后将结果重新导入为适当的sf...)
打印sf:::st_voronoi.sfc的代码:

function (x, envelope = st_polygon(), dTolerance = 0, bOnlyEdges = FALSE) 
{
    if (compareVersion(CPL_geos_version(), "3.5.0") > -1) {
        if (isTRUE(st_is_longlat(x))) 
            warning("st_voronoi does not correctly triangulate longitude/latitude data")
        st_sfc(CPL_geos_voronoi(x, st_sfc(envelope), dTolerance = dTolerance, 
            bOnlyEdges = as.integer(bOnlyEdges)))
    }
    else stop("for voronoi, GEOS version 3.5.0 or higher is required")
}

换句话说,如果GEOS版本小于3.5.0,则操作完全失败。如果它>= 3.5.0(sf:::CPL_geos_version()报告我的版本是3.8.1),并且正在使用long-lat数据,则假定将发出警告(但无论如何都会完成计算)。
我第一次运行时没有收到警告;我检查并将options("warn")设置为-1(抑制警告)。我不知道为什么-从一个干净的会议运行确实给予了我警告。可能是管道中的东西(例如rnaturalearth告诉我我需要安装rnaturalearthdata包)不小心设置了选项?

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