无法通过Conda安装R Bioconductor软件包

z2acfund  于 2023-06-19  发布在  其他
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我想在我的新电脑(macOS)上开始使用Conda环境,主要用于生物信息学分析。但是,我不能带它来下载Bioconda生物导体包。
我现在尝试了几种方法,但无法成功完成安装。

安装

我基本上是按照这个website上的说明操作的
首先通过以下命令从github下载mambaforge:

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh

设置

然后,我创建了第一个R环境,类似于here
我创建了一个环境:

mamba create -n R-4.3.0 -c conda-forge r-base r-essentials

到目前为止,一切正常:我可以激活环境并使用R。

问题

现在,当我尝试安装一个生物导体,bioconda R包,如DESeq 2,edger或minfi(这些是我测试的)时,问题出现了。
它总是以某种方式拒绝安装,找到软件包而告终

Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - bioconductor-deseq2

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-arm64
  - https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-arm64
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
  - https://conda.anaconda.org/r/osx-arm64
  - https://conda.anaconda.org/r/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-arm64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-arm64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to

    https://anaconda.org

and use the search bar at the top of the page.

我最初尝试从一个YAML文件安装它,它看起来像这样

name: methylation
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - default
dependencies:
  - conda-forge::r-base
  - conda-forge::r-essentials
  - bioconductor-deseq2

或者使用conda install -c bioconda bioconductor-deseq2
我也试着用micromamba做同样的事情,通过自制软件安装,并按照bioconda上的描述设置我的.condarc和/或.mambarc文件,但没有进展。

ttp71kqs

ttp71kqs1#

几个问题:

  • Bioconda不支持osx-arm 64;你需要效仿
  • conda-forge通道必须优先
  • default不是通道;实际上,除非安装非常旧的Bioconda软件包,否则您不需要defaults
  • R4.3才刚刚在conda-forge上推出,Bioconda还没有为它构建任何东西

考虑到这一切,这里有一个更好的YAML:

methylation.yaml

name: methylation
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - nodefaults  ## block user/system channels
dependencies:
  - r-base=4.2  ## always specify the R version (faster solve; more stable)
  - r-essentials
  - bioconductor-deseq2

要安装这个,我们需要覆盖你默认的平台osx-arm 64,替换为osx-64

CONDA_SUBDIR=osx-64 mamba env create -n methylation -f methylation.yaml

## set the subdir for the environment
mamba activate methylation
conda config --env --set subdir osx-64

注意:在安装软件包之前,请始终激活此环境-否则它将退回到使用osx-arm64

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