我想在我的新电脑(macOS)上开始使用Conda环境,主要用于生物信息学分析。但是,我不能带它来下载Bioconda生物导体包。
我现在尝试了几种方法,但无法成功完成安装。
安装
我基本上是按照这个website上的说明操作的
首先通过以下命令从github下载mambaforge:
curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh
设置
然后,我创建了第一个R环境,类似于here
我创建了一个环境:
mamba create -n R-4.3.0 -c conda-forge r-base r-essentials
到目前为止,一切正常:我可以激活环境并使用R。
问题
现在,当我尝试安装一个生物导体,bioconda R包,如DESeq 2,edger或minfi(这些是我测试的)时,问题出现了。
它总是以某种方式拒绝安装,找到软件包而告终
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:
- bioconductor-deseq2
Current channels:
- https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-arm64
- https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
- https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-arm64
- https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
- https://conda.anaconda.org/r/osx-arm64
- https://conda.anaconda.org/r/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-arm64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-arm64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to
https://anaconda.org
and use the search bar at the top of the page.
我最初尝试从一个YAML文件安装它,它看起来像这样
name: methylation
channels:
- bioconda
- conda-forge
- default
dependencies:
- conda-forge::r-base
- conda-forge::r-essentials
- bioconductor-deseq2
或者使用conda install -c bioconda bioconductor-deseq2
我也试着用micromamba做同样的事情,通过自制软件安装,并按照bioconda上的描述设置我的.condarc和/或.mambarc文件,但没有进展。
1条答案
按热度按时间ttp71kqs1#
几个问题:
conda-forge
通道必须优先default
不是通道;实际上,除非安装非常旧的Bioconda软件包,否则您不需要defaults
conda-forge
上推出,Bioconda还没有为它构建任何东西考虑到这一切,这里有一个更好的YAML:
methylation.yaml
要安装这个,我们需要覆盖你默认的平台osx-arm 64,替换为osx-64:
注意:在安装软件包之前,请始终激活此环境-否则它将退回到使用
osx-arm64
。