小心！在你尝试这个之前阅读文档：

# Pasted as a commented to prevent blindly copying and pasting
# remove.packages( installed.packages( priority = "NA" )[,1] )

默认情况下，这将从.libPaths()中的第一个库中删除包。否则，您可以为remove.packages()指定以下参数：

, lib = .libPaths()[1]

而不是
更新到R 3.0.0，并且必须重新构建所有软件包。
就做

update.packages(..., checkBuilt=TRUE)

这就是我在R3.0.0上所做的（使用lib.loc=...指向不同的本地目录）。这将更新您拥有的所有内容 *，并且它仍然可以从repos *（如CRAN）中获取。对于install_git()等，你运气不好，需要重新安装。
但无论哪种方式，您都不需要首先删除软件包。

接受的答案不再起作用（R 3.6.X），但这个答案起作用：

update.packages(checkBuilt = T, ask = F)

我们使用checkBuilt=T，因为它检查包是否是在旧版本下构建的，需要重新构建（有时）。
我们使用ask=F，因为否则我们会得到每个包的提示，这很烦人。

以下是R-Blogger中可用的解决方案：

# create a list of all installed packages
 ip <- as.data.frame(installed.packages())
 head(ip)
# if you use MRO, make sure that no packages in this library will be removed
 ip <- subset(ip, !grepl("MRO", ip$LibPath))
# we don't want to remove base or recommended packages either\
 ip <- ip[!(ip[,"Priority"] %in% c("base", "recommended")),]
# determine the library where the packages are installed
 path.lib <- unique(ip$LibPath)
# create a vector with all the names of the packages you want to remove
 pkgs.to.remove <- ip[,1]
 head(pkgs.to.remove)
# remove the packages
 sapply(pkgs.to.remove, remove.packages, lib = path.lib)

以下是原始文章的链接：https://www.r-bloggers.com/how-to-remove-all-user-installed-packages-in-r/

如果在Linux上，最简单的方法可能是删除库文件夹，默认情况下，该文件夹位于/home/yourusername/R中。
例如，在Fedora上，它被称为x86_64-redhat-linux-gnu-library。如果文件夹/home/yourusername/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library被删除，它将在以下R开头自动重新创建。所有默认库都定期可用。

警告，您将删除大量内容

有时卸载包不起作用，在这种情况下，您可能需要删除包的文件夹。这可以从R中完成，假设您有权限。

sapply(paste(installed.packages( priority = "NA" )[, 2], installed.packages( priority = "NA" )[, 1], sep = "/"), unlink, recursive = T)

您可以通过以下方式预览要删除的路径：

sapply(paste(installed.packages( priority = "NA" )[, 2], installed.packages( priority = "NA" )[, 1], sep = "/"), identity)

此呼叫：

• 获取已安装的非基包的列表
• 生成其已安装路径的矢量
• 在路径上循环
• 递归删除每个文件夹