函数的返回值是函数内部执行的最后一个表达式的值。
你的函数只包含一个表达式：子集赋值，R将其视为对函数[<-的调用。这就是所谓的 replacement function，所有的replacement function都会返回传递给它的值，即c("1", "2")在你的情况下。
这就是匿名函数的值。
要返回整个vector，您需要使该vector成为函数的最后一个表达式。您可以通过将向量变量作为最后一个表达式放入匿名函数来实现这一点：

y <- letters |>
  (\(x) {
    x[stringr::str_which(x, "a|e")] <- c("1", "2")
    x
  })()

R将返回最后一个求值表达式。
编辑：正如KonradRudolph正确指出的那样，在本例中实际上是赋值运算符<-
最后一个求值的表达式通常是函数中的最后一个项，或者如果函数已经使用return()提前终止，则可能是更早的项。
对比：

y <- letters |>
  (\(x) {
    x[stringr::str_which(x, "a|e")] <- c("1", "2")
    return(x)}
   )()

给予

> y
 [1] "1" "b" "c" "d" "2" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l" "m" "n" "o" "p" "q" "r" "s" "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"

就像把x加到末尾作为最后一个求值项一样：

y <- letters |> (\(x) {x[stringr::str_which(x, "a|e")] <- c("1", "2"); x})()