Git不跟踪目录，所以它不会删除由于合并或其他更改而变为空的目录。但是，您可以使用git clean -fd删除未跟踪的目录（-fd标志表示 force删除未跟踪的文件和 d 目录）。

我有同样的问题，在我的情况下，在构建服务（CI）..由于GIT在不清理文件夹的情况下拉取所有文件，因此CI先前构建的所有bin / obj都是脏的，因此如果我删除一个测试项目，bin仍将包含DLL并将提及不存在的测试。
为了解决这个问题;这个命令似乎可以完成任务（至少对我来说）

git clean -fd -x

其中X将删除所有未跟踪的文件：
-X只删除被Git忽略的文件。这可能有助于从头开始重建所有内容，但保留手动创建的文件。

作为大多数改变工作树的操作（pull，merge，checkout，等等）的一部分，git会删除所有被该操作清空的目录（例如：git删除了最后一个文件）。
git不会删除任何非完全空的目录，所以如果你有隐藏或忽略的文件，那么仅仅因为git从该目录中删除了最后一个 tracked 文件并不一定意味着git能够删除该目录。git不认为这是一个错误条件，所以不会抱怨它。

Git不跟踪目录、文件（及其路径）。如果这些路径还不存在，Git会为它们创建所有目录（酷！），但是如果路径中包含的所有文件都被移动或删除，它不会不删除它们（不酷...但有原因）。

解决方案（拉取/快进/合并后）：

git stash --include-untracked
git clean -fd
git stash pop

如果您在clean之前没有stash，您将丢失所有未跟踪的文件（不可逆）。
注意：由于这也会清除所有被忽略的文件，因此您可能需要再次运行一些构建脚本来重新创建项目元数据（例如：./gradlew eclipse）。这也会删除那些空的目录，那些从来不是git文件路径的一部分的目录。

对我来说，目录是一个子模块，所以我需要运行-f两次：

git clean -f -f -d

Git目前不跟踪目录（参见git wiki），也就是说，你既不能添加空目录，也不会删除最终为空的目录。（编辑：谢谢Manni，我错了！你不能 * 添加 * 空目录，但是git会 * 删除 * 那些因为被跟踪的内容被删除而变空的目录。）
关于删除空目录的命令：这取决于你的操作系统。
对于Linux，您可以使用，例如，

find -depth -type d -empty -exec rmdir {} \;

但是，这将删除所有空目录！