我自己找不到答案，所以我创建了一个自定义操作。转到“首选项”、“自定义操作”，然后输入以下信息：（这是在Mac上。您的git可执行文件路径可能会有所不同。）

只需双击子模块或左键单击并打开模块x1c 0d1x
一旦进入子模块，UI就像任何git repo一样，按pull/fetch更新到header。瞧

以下是windows版本：

此命令假定sh.exe的位置-取决于您如何设置SourceTree，它可能在其他地方。

/c %LOCALAPPDATA%\Atlassian\SourceTree\git_local\bin\sh.exe --login -i -c "git submodule update"""

不确定这是否是一个bug --但在我使用的Sourcetree版本（v1.6.14.0）中，我发现在末尾需要额外的一对引号""--否则会存在一个额外的引号，然后不平衡的语句会导致sh吠叫：

cmd "/c %LOCALAPPDATA%\Atlassian\SourceTree\git_local\bin\sh.exe --login -i -c "git submodule update""
sh: unexpected EOF while looking for matching `"'
sh: syntax error: unexpected end of file

Completed with errors, see above.

我用的是源码树v3.4.6，可以通过菜单工具\选项

开启
克隆时需要开启递归子模块

Isuru提供的link确实包括了如何执行更新（查找“更改仓库正在跟踪的子模块提交”）
简而言之，在主存储库上，

• 选择子模块下拉列表
• 双击要更新的子模块-将焦点切换到该子模块
• pull（最新）或checkout（特定提交）所需的更新
• 返回到主存储库的选项卡
• 在主存储库中将有一个未提交的更改（哪个子模块提交使用）
• 提交并推动变更

在未暂存文件列表中，右键单击要更新的子模块，然后选择“放弃”。这将执行git submodule update。