如你所见，ThisObj不一样。更准确地说，当从构造函数调用时，thisObj引用Test类。当从方法调用时，它引用Test的示例。
这是为什么呢？
你的理论不正确。在C代码中输出的是一个对象句柄，而不是this指针。指向java对象的指针不直接公开给本机代码。这样做是行不通的，因为垃圾收集器可以四处移动对象，即使在执行本机代码的同时也是如此。
相反，VM将分配一个对象句柄，它可以被认为是间接引用Java对象的令牌，只有GC知道如何正确访问（由API封装）。在多个调用中，这意味着句柄的值可以更改，因为每个调用都会创建一个新句柄。
但在这两种情况下，句柄都将引用this对象。这与调用方法的位置无关。因为jni_test是一个示例方法，所以它需要一个接收器参数。Java代码中对jni_test(...)的两个调用都是this.jni_test(...)的缩写。this就是thisObj句柄在本机代码中引用的内容。
这在JNI规范中也有解释：
JNI接口指针是本机方法的第一个参数。JNI接口指针的类型为JNIEnv。第二个参数根据本机方法是静态的还是非静态的而有所不同。非静态本机方法的第二个参数是对对象的引用。静态本机方法的第二个参数是对其Java类的引用。
jni_test方法不是static，因此第二个参数引用对象。
如何解决它（除了显式地将此作为一个参数传递给jni函数）？
我不知道你想达到什么目的，或者你在寻找什么样的解决方案。不过请放心，没有办法公开指向任意Java对象的稳定本机地址。

你将你的方法声明为private native void jni_test(int i);，这意味着对应的C签名是：

void Java_<package>_jni_1test(JNIEnv *env, jobject obj, jint i);

不管它是从哪里调用的，obj是 * Test* 类的示例。您可以安全地将obj传递给其他方法或调用obj上的方法，但在构造函数中进行操作时也需要注意同样的问题。
另一个答案已经解释了为什么你的测试是测试错误的东西，所以我不会重复它。
编辑：我写了下面的代码来反驳你的说法：在测试中添加了以下主要方法：

public static void main(String[] args) {
  Test t = new Test();
  t.m();
}

下面是jni_test方法中的：

JNIEXPORT void JNICALL Java_Test_jni_1test(JNIEnv * env, jobject obj, jint i) {
    jclass cls_Test = env->FindClass("Test");
    printf("Inside call with i=%d\n", i);
    printf("\tobj instanceOf Test: %d\n", env->IsInstanceOf(obj, cls_Test));
    printf("\tobj.getClass() == Test: %d\n", env->IsSameObject(cls_Test, env->GetObjectClass(obj)));

    jmethodID mid_Test_toString = env->GetMethodID(cls_Test, "toString", "()Ljava/lang/String;");
    jstring str = (jstring)env->CallObjectMethod(obj, mid_Test_toString);
    const char * str_output = env->GetStringUTFChars(str, nullptr);
    printf("\tobj.toString(): %s\n", str_output);
    env->ReleaseStringUTFChars(str, str_output);
}

其产生以下输出：

Inside call with i=0
    obj instanceOf Test: 1
    obj.getClass() == Test: 1
    obj.toString(): Test@1eb44e46
Inside call with i=1
    obj instanceOf Test: 1
    obj.getClass() == Test: 1
    obj.toString(): Test@1eb44e46

这最终证明了是的，即使在构造函数中，this也引用了正在构造的对象。我不知道你是如何得出不同的结论的，但我只能假设你的测试代码是错误的。