据我所知，IntelliJ不支持在同一窗口中打开多个项目。
我相信你已经走上了正确的道路，在进口项目作为一个模块。没有看到你所描述的，我不知道为什么你的文件夹显示，但它可能是你需要转换你的源代码在'项目A'到一个模块-命名，例如，'模块A'第一（这意味着'项目A'将成为自己的项目与一个单一的模块-'模块A'下）。
然后将“项目B”作为一个模块（例如，名为“模块B”）导入“项目A”。
所以你现在结束了，有一个像这样的层次结构：

{"project A": [
    "module A", 
    "module B"]}

（我为了说明的目的而编写了类似JSON的符号，我不认为你会在任何地方找到它）。
如果它有助于澄清，您可以同样转换'Project B' into a module ('module B') first, import 'Project A' into it as 'module A'.结果项目将具有相同的内容，除了层次结构将是：

{"project B": [
 "module A", 
 "module B"]}.

换句话说，你决定哪个项目将成为你的“主要工作项目”并不重要。我不是100%确定，但我认为你甚至可以单独处理每个模块（比如在它自己的IntelliJ窗口中打开），因为当创建一个模块时，你所做的就是通过IML文件告诉IDE代码在哪里，我认为IML文件可以跟踪模块。
如果您尝试此操作，但您的文件和文件夹结构似乎仍然没有意义，请分享更多详细信息，我将尝试重新创建您的问题。
对于有许多模块的项目，我想你也可以对模块进行分组，尽管我没有任何经验。

如果项目相关，即它们相互依赖，并且您正在使用gradle，您可以使用includeBuild功能，此时IJ将在一个视图中打开两个项目

由于您有Gradle项目，因此最好通过Gradle Tool Window管理它们
试着这样做：打开项目A，在Gradle工具窗口中单击“+”图标，导航到项目B的文件夹并单击确定。
这将允许您同时在IDEA中打开两个项目。
如果您稍后想要"取消链接"项目，请在Gradle工具窗口中选择项目B，然后单击"-"。