我使用以下Dockerfile创建了一个docker镜像：

FROM ubuntu:18.04
ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

WORKDIR /usr/local/src

# Setting up general environment
RUN apt-get -y update \
    && apt-get install -y build-essential \
    && apt-get install -y wget \
    && apt-get install -y hmmer \
    && apt-get install -y git \
    && apt-get clean \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

## Installing miniconda
ENV CONDA_DIR /opt/conda
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
    /bin/bash ~/miniconda.sh -b -p /opt/conda
ENV PATH=$CONDA_DIR/bin:$PATH

# Installing NLRTracker
RUN git clone https://github.com/eliza-m/NLRexpress 
WORKDIR /usr/local/src/NLRexpress

# Setting up the conda environment and required variables 
RUN conda env create -f environment.yml && \
    conda init bash && \
    echo "conda activate nlrexpress" >> ~/.bashrc

ENV PATH /opt/conda/envs/nlrexpress/bin:/usr/local/src/NLRexpress:$PATH
ENV CONDA_DEFAULT_ENV nlrexpress

RUN wget https://nlrexpress.biochim.ro/datasets/models.tar.gz && \
    tar -xf models.tar.gz && \
    rm models.tar.gz

RUN echo "#!/bin/bash \n python nlrexpress.py" > nlrexpress && \
    chmod +x nlrexpress

我避免使用CMD参数，并创建了一个可执行文件nlrexpress，因为我也想将此映像用于hmmsearch。
镜像构建得很好，当我测试docker run nlrexpress:latest nlrexpress时，我得到了预期的输出：

Usage: nlrexpress.py [OPTIONS]
Try 'nlrexpress.py --help' for help.

Error: Missing option '--input'.

但是，当我将容器与nextflow一起使用时，我得到以下错误：python: can't open file '/path/to/workDir/ea/72bd9e660d0ce79944d8bdde3dd024/nlrexpress.py': [Errno 2] No such file or directory
下面是nextflow流程：

process NLRexpress {
  tag "$sample_id"
  publishDir params.PlantDir
  maxForks 1
  container = 'dthorbur1990/nlrexpress:latest'
  executor = "local"

  input:
      tuple val(sample_id), path(peptides)

  output:
      path "*.short.output.txt" 

  script:
  """
  mkdir output
  nlrexpress \\
        --input ../${peptides} \\
        --outdir ./output \\
        --module ${params.NE_Modules}

  mv output/*.short.output.txt ./
  """
}

如何确保挂载容器时容器WORKDIR中的文件可用？我试过设置ENV变量，但这似乎也不起作用。我认为因为设置了WORKDIR，所以映像将始终挂载到WORKDIR路径，并且所有文件都将可用。
我发现我可以将repo克隆到nextflow工作目录中，但这不是一个理想的解决方法，因为我还必须为每个进程下载模型。我下载到容器中的models目录也存在同样的问题。

**编辑：只需要添加hmmsearch与nextflow和容器完全兼容。