shell 过滤床文件中的重叠条目(2)

3lxsmp7m  于 2023-06-24  发布在  Shell
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这是我以前的question的后续。这一次,如果bed文件中的两个条目重叠,我想在输出中保留其中一个(随机选择)。最好是,我寻找一个修改前一个答案(bedtools包)。对于输入:
我希望得到如下输出:

pwuypxnk

pwuypxnk1#

你能把坐标分成两个单独的床文件fileA.bed和fileB.bed吗?然后你可以使用bedtools intersect和-u选项来完成这个任务:(https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/intersect.html

bedtools intersect -u -a fileA.bed -b fileB.bed > overlapped_entries.bed

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