下面是Snakemake规则：

rule deseq2:
    input:
        salmon=expand("salmon/{sample}/quant.sf", sample=SAMPLES)
    output:
        xlsx="deseq2/deseq2_diff_trx.xlsx",
        rdata="deseq2/dds.Rdata",
    params:
        map_with,
        genome,
        gtf,
    log:
        "logs/deseq2/deseq2.log"
    conda:
        "envs/deseq2.yml"
    threads: config["resources"]["deseq2"]["cpu"]
    resources: 
        runtime=config["resources"]["deseq2"]["time"]
    script:
        "scripts/deseq2.R"

规则运行的R脚本中给出错误的部分是当我将变量保存到snakemake变量的输出部分中的文件名时：

save(dds, snakemake@output[[2]])

Error in save(dds, snakemake@output[[2]]) : 
  object ‘snakemake@output[[2]]’ not found

在前面的脚本中，我以类似的方式访问snakemake变量的params部分，但没有任何错误：

map.with <- snakemake@params[[1]]
genome <- snakemake@params[[2]]
gtf <- snakemake@params[[3]]

当我打印snakemake变量时，我得到了以下内容（只有部分相关输出）：

An object of class "Snakemake"
Slot "input":
[[1]]
[1] "salmon/Control-1/quant.sf"

[[2]]
[1] "salmon/Control-2/quant.sf"

[[3]]
[1] "salmon/Control-Hypoxia-1/quant.sf"

[[4]]
[1] "salmon/Control-Hypoxia-2/quant.sf"

$salmon
[1] "salmon/Control-1/quant.sf"         "salmon/Control-2/quant.sf"        
[3] "salmon/Control-Hypoxia-1/quant.sf" "salmon/Control-Hypoxia-2/quant.sf"

Slot "output":
[[1]]
[1] "deseq2/deseq2_diff_trx.xlsx"

[[2]]
[1] "deseq2/dds.Rdata"

$xlsx
[1] "deseq2/deseq2_diff_trx.xlsx"

$rdata
[1] "deseq2/dds.Rdata"

Slot "params":
[[1]]
[1] "salmon"

[[2]]
[1] "hg38"

[[3]]
[1] "/home/user/Documents/references/gtf/hg38/gencode.v43.annotation.gtf"

我还按照snakemake网站的建议，将工作空间保存到一个文件中，以便进行调试。当我把它加载到R中时，我可以做以下事情：

> snakemake@output[["rdata"]]
[1] "deseq2/dds.Rdata"

> snakemake@output[[2]]
[1] "deseq2/dds.Rdata"

但是当上面的代码包含在正确的脚本中时，我得到了对象未找到（见上文）错误。
我做错了什么？