在R中迭代加载大型空间数据集并执行交集

k2fxgqgv 于 2023-06-27 发布在其他

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我有一个20GB的GeoPackage，我需要与一个小得多的GeoPackage（100MB）相交。如果文件大小较小，那么这将起作用：

library(sf)

BigDataset <- st_read("https://automaticknowledge.org/gb/greenspace/Manchester_greenspace.gpkg") 
Dataset <- st_read("https://automaticknowledge.org/gb/wards/Manchester_wards.gpkg")

Intersection <- Dataset %>%
    st_intersection(., BigDataset) %>%
    st_collection_extract(., "POLYGON")

然而，由于20GB文件的大小，我的R会话崩溃了。有没有一种方法可以一次只迭代加载20GB GeoPackage的一部分（比如将其分块为1000个行组），并在加载和处理所有数据后最终生成单个“Intersection”输出之前对每个块执行交集？

来源：https://stackoverflow.com/questions/76527758/iteratively-load-large-spatial-dataset-and-perform-intersection-in-r

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eit6fx6z1#

你很幸运，你正在处理geopackages。对于一个geopackage是一个数据库（sqlite是技术性的），可以使用SQL查询。
考虑这段代码;它的作用是：

首先，它创建一个geopackage（您的原始代码不是完全可复制的）
列出了数据库的层，以便您了解如何构造from子句
执行SQL查询，选择5到17行之间的行;当然，这些数字是任意的，您需要提供自己的数字

要构造用于迭代的sql代码，请考虑使用{glue}包。
此外，这可能有点超出范围，应该可以使用空间SQL函数完全在数据库中执行操作，省略内存受限的R。

library(sf)

# load the much loved North Carollina shapefile
shape <- st_read(system.file("shape/nc.shp", package="sf"))

# create a geopackage, any geopackage...
st_write(shape, "nc.gpkg")

# to know your layers & construct your from clause
st_layers("nc.gpkg")

iter_read <- st_read("nc.gpkg", query = "select * from nc where rowid between 5 and 17;")

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