如果你想通过y轴类别来着色，你必须将这个变量Map到fill上，即做fill = y：

library(ggplot2)
library(ggmosaic)

ggplot(bd) +
  geom_mosaic(aes(
    x = product(y, z),
    fill = y, weight = weight
  ), offset = 0.015) +
  scale_fill_brewer(palette = 2) +
  theme_mosaic()

既然你在你的OP中提到你对手动设置填充颜色感兴趣，这里有一个方法来做。在@stefan answer中，你只需要将scale_fill_brewer(palette=2)行替换为以下内容：

scale_fill_manual(values = c("A" = "firebrick2",
                             "B" = "royalblue",
                             "C" = "gold2",
                             "D" = "orchid2",
                             "E" = "forestgreen",
                             "F" = "orange2"))

您可以在这里查阅ggplot2中的一些预定义颜色名称：ggplot colors。