所以我解决了这个问题。不知何故，我的Extents数组仍然显示一个区段，但为了获得所有碎片数据，我不得不多次调用FSCTL_GET_RETRIEVAL_POINTERS。
如果我调用这个函数：

DeviceIoControl(handle,
                FSCTL_GET_RETRIEVAL_POINTERS,
                &StartingVCNK,
                sizeof(STARTING_VCN_INPUT_BUFFER),
                prpb,
                sizeof(RETRIEVAL_POINTERS_BUFFER),
                &nRead,
                NULL);

如果文件被分段并且存在更多的区段，则它将返回ERROR_MORE_DATA。所以我不得不调用DeviceIoControl()，直到它返回ERROR_HANDLE_EOF。此外，我还必须将StartingVCNK更新为上一个扩展区的NextVCN。