在LDA图形的顶部添加一个新的船体层- R

neskvpey 于 2023-07-31 发布在其他

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我添加了一些人工数据到虹膜数据集（位置），并做了一个LDA图。我如何在LDA上绘制另一层，这将是locationData的船体。
谢谢
代码：

myDF <- iris
locationData <- "UK"
myDF <- cbind(myDF, locationData)
myDF[30:45,6]<- "France"
myDF[105:145,6]<- "Japan"
myDF[146:150,6]<- "France"
Species<-myDF$Species

data4LDA<-lda(Species~. ,myDF[1:4] ) #Perfrom LDA 
LD1<-predict(data4LDA)$x[,1]
LD2<-predict(data4LDA)$x[,2]

dt<-data.table(Species,LD1,LD2)
dt[order(dt$Species),]

LDAplot <- ggplot(dt,aes(x=LD1,y=LD2)) +  
  geom_point(size = 2, aes(color=Species)) +
  stat_chull(aes(color = Species, fill = Species), geom = "polygon", alpha = 0.1) 
LDAplot

字符串

来源：https://stackoverflow.com/questions/76797186/add-a-new-convex-hull-layer-on-top-of-an-lda-grpah-r

1条答案

按热度按时间

ttp71kqs1#

只需在dt对象的列中包含位置，并添加另一个Map到它的stat_chull：

dt <- data.table::data.table(Species, location = myDF$locationData, LD1,LD2)
dt[order(dt$Species),]

ggplot(dt,aes(LD1, LD2)) +  
  geom_point(size = 2, aes(color = Species)) +
  ggpubr::stat_chull(aes(color = Species, fill = after_scale(alpha(color, 0.1))), 
                     geom = "polygon", 
                     alpha = 0.1) +
  ggpubr::stat_chull(aes(fill = location, color = after_scale(alpha(fill, 1))), 
                     geom = "polygon", alpha = 0.1) +
  scale_fill_brewer("Location", palette = "Set2") +
  scale_color_brewer("Species", palette = "Set1")

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