我试图使生物信息学工作“更容易”为自己与Snakemake😊，但我的第一次尝试不幸地给我带来了问题。不幸的是，我无法在互联网上找到一个解决方案，在所有常见的平台上，将消除这个问题。因此，我认为我们的“群体智能/群体经验”可能对故障排除更有帮助😊。
我想用Snakemake自动化我的R分析：
我的Snakefile：

rule hello:
    output:  
        filtered_file = "output.csv"
    input:
        script='scripts/test.r',
        annotations_file="cars.csv"
    shell:
       "Rscript {input.script} \
        --annotations_file {input.annotations_file} \
        --filtered_file {output.filtered_file}"

字符集
我的脚本

library(dplyr)
annot_data=read.csv2(snakemake@input[["annotations_file"]],header=TRUE)
filtered = annot_data %>% filter(speed > 7))
write.csv2(filtered,snakemake@output[["filtered_file"]])

型
当我执行一次“试运行”时，我总是得到错误消息，即找不到“输出文件”（见下文）。第二个问题，当我运行我的脚本时，发生了一个错误，没有任何解释。你知道我做错了什么吗？或者我如何才能驯服“蛇”😊？x1c 0d1x
任何帮助都很感激。对你的帮助，我先表示感谢
最好的问候
帕夫洛
我已经尝试了各种解决方案[“从互联网”]（How to execute R inside snakemake）或例如。[修改Snakefile]（https://github.com/fritzbayer/snakemake-with-R）或this-不幸的是没有成功。