R语言 我想知道如何使用mixstock包

ibps3vxo  于 2023-07-31  发布在  其他
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我正在研究一个混合股票分析的基础上提供的演练Bolker(https://citeseerx.ist.psu.edu/document?repid=rep1&type=pdf&doi=043730a02b148396ebd54b2f62e8f6364714b1b2),使用'mixstock'包。
我在练习打包的时候遇到了一些问题。在绘制多对多分析图的过程中发生错误,因此示例中显示的图不会出现。你能解决那个问题吗?


的数据
我想画这个图,但是

我的代码做了这个图。
这是我的密码

Z = simmixstock2(nsource=4,nmark=5,nmix=3,
          sourcesize=c(4,2,1,1),
          sourcesampsize=rep(25,4),
          mixsampsize=rep(30,3),rseed=1001)
Zfit0 = mm.wbugs(Z,sourcesize=c(4,2,1,1),returntype="bugs")
plot(as.mcmc.bugs(Zfit0))
plot(Zfit0)

字符串
另外,我可以把我自己的数据而不是随机数据放入“simmixstock2”命令中吗?我想用我的数据做一次,但手动命令似乎只随机生成,所以我想知道是否有方法。谢谢。

ugmeyewa

ugmeyewa1#

这对我很有效:

library(mixstock)
Z = simmixstock2(nsource=4,nmark=5,nmix=3,
          sourcesize=c(4,2,1,1),
          sourcesampsize=rep(25,4),
          mixsampsize=rep(30,3),rseed=1001)
Zfit0 = mm.wbugs(Z,sourcesize=c(4,2,1,1), pkg="JAGS", jags.seed = 101)
plot(Zfit0)

字符串
这些变化是

  • 使用JAGS而不是WinBUGS(WinBUGS可能已经过时了-无论如何,很难在Windows以外的平台上运行;我不知道OpenBUGS的状态),包括设置MCMC运行的种子
    • 不要 * 指定returntype = "bugs"(相反,默认的“mixstock”选项给出了一些我们可以绘制的东西)

我不太明白你说的
我可以把我自己的数据以外的随机数据到“simmixstock 2”命令?
simmixstock2()函数是为模拟数据而设计的,在这种情况下,您希望看到当您没有自己的数据时事情是如何工作的。在第页的小插曲/演练中有说明。4-5关于如何输入多个混合种群的数据(将它们作为额外的列添加到矩阵中(行=单体型,列=来源和混合种群),并在使用as.mixstock.data()时指定混合种群的数量(默认为nmix=1))。

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