我正在“转换”一个大的(~1.6GB)CSV文件,并将CSV的特定字段插入SQLite数据库。基本上我的代码看起来像:
import csv, sqlite3
conn = sqlite3.connect( "path/to/file.db" )
conn.text_factory = str #bugger 8-bit bytestrings
cur = conn.cur()
cur.execute('CREATE TABLE IF NOT EXISTS mytable (field2 VARCHAR, field4 VARCHAR)')
reader = csv.reader(open(filecsv.txt, "rb"))
for field1, field2, field3, field4, field5 in reader:
cur.execute('INSERT OR IGNORE INTO mytable (field2, field4) VALUES (?,?)', (field2, field4))
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一切都像我期望的那样运作,除了...它需要一个令人难以置信的大量时间来处理。我是不是编错了?有没有更好的方法来实现更高的性能并完成我所需要的(简单地将CSV的几个字段转换为SQLite表)?
**EDIT --我尝试按照建议直接将csv导入sqlite,但结果发现我的文件在字段中有逗号(例如:"My title, comma"
)。这会导致导入错误。似乎出现了太多这样的事件,无法手动编辑文件...
还有别的想法吗?**
6条答案
按热度按时间ux6nzvsh1#
除非已经在事务中,否则每个SQL语句都有一个新的事务开始。这是非常昂贵的,因为它需要为每个语句重新打开、写入和关闭日志文件。这可以通过使用开始 Package SQL语句序列来避免;结束交易;声明。对于不改变数据库的语句也可以获得这种加速。”- Source:http://web.utk.edu/~jplyon/sqlite/SQLite_optimization_FAQ.html
“...还有另一个技巧可以用来加速SQLite:交易。无论何时,当你必须执行多个数据库写操作时,把它们放在一个事务中。不是每次发出写查询时都写入(并锁定)文件,而是在事务完成时只发生一次写操作。*”-源代码:SQLite的可扩展性如何?
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m528fe3b2#
可以直接导入CSV:
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http://www.sqlite.org/cvstrac/wiki?p=ImportingFiles
wgeznvg73#
正如Chris和Sam所说,事务确实提高了很多插入性能。
请允许我推荐另一种选择,使用一套Python实用程序来处理CSV,csvkit。
要安装:
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来解决你的问题
型
68bkxrlz4#
尝试使用交易。
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这将定期提交数据,而不是每行提交一次。
wnrlj8wa5#
Pandas可以很容易地将大文件分块加载到数据库中。将CSV文件读入Pandas DataFrame,然后使用Pandas SQL编写器(因此Pandas会完成所有繁重的工作)。下面是如何以100,000行块的形式加载数据。
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现代的Pandas版本非常有性能。不要重新发明轮子。请参阅here了解更多信息。
rhfm7lfc6#
cursor.executemany
比cursor.execute
快根据以下基准:https://stackoverflow.com/a/76659706/895245
cursor.executemany
应该比for
循环快得多(观察到3倍),如:https://stackoverflow.com/a/7137270/895245.executemany
在单个事务中运行,但在没有任何显式BEGIN
/COMMIT
的情况下,默认情况下循环也是如此:加速是由于一些其它因素。main.py
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测试:
型
它在9秒内完成,因此与在以下中使用的没有
csv
读取的虚拟range()
循环相比,速度只有很小的减慢:https://stackoverflow.com/a/76659706/895245要从CSV中选择或预处理列,我们现在可以使用generator expression,例如。沿着以下方针:
型
csvkit
速度慢我希望csvkit,前面提到过:https://stackoverflow.com/a/9913925/895245可以更好地支持这个用例,但目前它比上面的最小手动
executemany
脚本慢得多,例如:型
给出1 m25 s。
理论限速
sqlite .import
看看我们离Python有多远,假设没有什么可以击败更原生的
.import
命令:型
结果在我的SSD:5.8s。比Python快得多,但很高兴看到我们也相差不远。
在Ubuntu 23.04、Python 3.11.2、Lenovo ThinkPad P51、SSD上测试:Samsung MZVLB 512 HAJQ-000 L7 512 GB SSD,3 GB/s标称速度,csvkit==1.0.7,sqlite 3.40.1。