我也有同样的问题。从GIT源代码中，当命令git diff-index HEAD返回结果时，即使git status说工作树是干净的，也会抛出错误。
为了避免这个错误，在我的例子中，我重新 checkout 了工作树的当前分支，一切似乎都正常：git checkout <branch>个
有点混乱但如果有人能解释一下原因。。

git reset --hard给我修好了
从git reset --help
--hard重置索引和工作树。此后对工作树中的跟踪文件所做的任何更改都将被放弃。

我现在能搞定了。我的问题似乎是仓库是全新的：我从来没有承诺过什么。一旦我向repo提交了一个文件，我就能够克服这个错误。
但是，使用git subtree add C:\gitTest\repos\subA -d --prefix subA命令，我得到了新的错误：
fatal just how do you expect me to merge 0 trees?个
在花了一分钟的时间之后，我发现它需要传递一个特定的修订。所以这个命令似乎成功了：
git subtree add C:\gitTest\repos\subA HEAD -d --prefix subA个
显然，您不需要-d调试标志。

我只是遇到了这个问题，当我：

• 添加子树;
• 意识到，我错误地添加了它（到错误的目录）;
• 用rm去除它;
• 尝试再次导入（到正确的位置）。

虽然puppet diff没有显示任何内容，但git diff-index HEAD将我刚刚删除的每个文件都列为“已删除”，尽管我从未提交（更不用说推送）任何内容。
我相信，这是git中的一个bug（这里使用2.7.0）.不管有没有Bug，解决方法是切换到 * 任何 * 其他分支（使用通常的git checkout ....），然后回到您的分支。希望，这能帮助到别人--即使不是最初的提问者。

如果您使用的是Windows，请尝试使用Git Bash而不是PowerShell或cmd.exe。这解决了我的问题。

我也犯了同样的错误。这是发生在我的功能分支。解决方案：
1.从功能分支远程拉取到本地
1.从主远程拉取到本地
1.将本地主服务器合并到功能分支，提交并推送到远程
1.运行`git子树pull --prefix MySubdirection https：//my/repository/url remotebranch --squash
我不知道为什么我必须获得master并合并到我的特性分支，但这解决了问题。

我在SourceTree上遇到了这个问题。问题是当我设置子树时，我选择了一个现有的文件夹。有一个警告，但我忽略了它。再次设置子树，但键入一个新的文件夹名称（一个还不存在）修复了这个问题。

尝试在不使用--squash的情况下按this stackoverflow question中所述进行拉取。