我的总体目标是将输入mirax（.mrxs）幻灯片图像中的几个区域裁剪为JPEG输出文件。
以下是其中一张图片的样子：
x1c 0d1x的数据
请注意，深灰色区域是图像的一部分，我最终希望以JPEG格式提取的区域是3个黑色正方形区域。
现在，具体来说：
我能够使用命令行上的vips将mirax图像中的颜色通道提取到3个单独的TIFF文件中：

vips extract_band INPUT.mrxs OUTPUT.tiff[tile,compression=jpeg] C --n 1

字符串
其中C对应于通道号（0-2），每个输出文件的大小约为250 MB。
接下来的工作是以某种方式从图像中识别和提取感兴趣的区域，所以我转向了几个python图像库，这就是我遇到困难的地方。
当我尝试使用OpenCV加载任何TIFF时：

i = cv2.imread('/home/user/input_img.tiff',cv2.IMREAD_ANYDEPTH)

型
我得到一个错误error: (-211) The total matrix size does not fit to "size_t" type in function setSize
我设法让枕头多一点牵引力，通过做：

from PIL import Image
tiff = Image.open('/home/user/input_img.tiff')
print len(tiff.tile)
print tiff.tile[0]
print tiff.info

型
其输出：

636633
('jpeg', (0, 0, 128, 128), 8, ('L', ''))
{'compression': 'jpeg', 'dpi': (25.4, 25.4)}

型
然而，除了加载图像，我似乎不能执行任何有用的操作;例如，执行tiff.tostring()的结果是MemoryError（我这样做是为了将PIL对象转换为numpy数组）。
从我有限的理解来看，这些TIFF以JPEG压缩格式将图像数据存储在“tiles”（上面的图像包含636633）中。
然而，我不清楚如何提取这些图块以用作常规JPEG图像，甚至我概述的上述过程中的步骤序列是否是实现从mirax图像中提取ROI的总体目标的潜在有用方法。
如果我的方向是正确的，那么我希望得到一些指导，或者，如果有其他方法可以在没有python的情况下使用vips/openslide来实现我的目标，我会很有兴趣听到一些想法。此外，更多关于我如何处理或理解我所描述的TIFF文件的信息也会有帮助。
理想的情况包括：
1)vips/openslide中的某种自动裁剪功能，可以从TIFF或原始mirax图像生成JPEG，沿着以下命令，但不会生成成千上万的图像：

vips dzsave CMU-1.mrxs[autocrop] pyramid

型
2)能够从TIFF中提取图块，并将与图像区域对应的数据存储为numpy数组，以便使用OpenCV或其他方法检测3个ROI。