行尾的额外逗号导致read.csv和read.table出错

mqxuamgl 于 2023-09-27 发布在其他

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我想把这个.csv file读到R中。当我使用read.csv时，我要么得到与row.names相关的错误，要么列名从它们的原始列偏移。基于this post，我相信问题与每行末尾多了一个逗号有关。我在对上一个问题的回答中找不到的是如何摆脱行尾逗号。
我的工作是做以下事情：

pmr <-read.csv("pubmed_result.csv", header = T, row.names = NULL)
colnames(pmr) <- c(colnames(pmr)[2:ncol(pmr)], "blank")
pmr <- pmr[1:ncol(pmr)-1]

这提供了所需的结果，但似乎有点不雅。有没有办法让read.csv或read.table忽略最后一个逗号？或者有没有一种方法可以使用gsub来修复csv？

r

来源：https://stackoverflow.com/questions/50979239/extra-commas-at-end-of-lines-causing-error-with-read-csv-and-read-table

2条答案

按热度按时间

xytpbqjk1#

您的评估是正确的，尾随的","导致了问题。确切地说，是因为数据行中有一个尾随的","，而声明列名的行中没有。
如果您不想像在上面的代码中那样手动修复问题，可以使用readr::read_csv

library(tidyverse);
df <- read_csv("pubmed_result.csv");
df;
    ## A tibble: 375 x 11
#   Title   URL    Description  Details  ShortDetails Resource Type  Identifiers
#   <chr>   <chr>  <chr>        <chr>    <chr>        <chr>    <chr> <chr>
# 1 Myoedi… /pubm… Zhang Y, Lo… Physiol… Physiol Rev… PubMed   cita… PMID:29717…
# 2 Cullin… /pubm… Papizan JB,… J Biol … J Biol Chem… PubMed   cita… PMID:29653…
# 3 Fusoge… /pubm… Bi P, McAna… Proc Na… Proc Natl A… PubMed   cita… PMID:29581…
# 4 Correc… /pubm… Long C, Li … Sci Adv… Sci Adv.  2… PubMed   cita… PMID:29404…
# 5 Single… /pubm… Amoasii L, … Sci Tra… Sci Transl … PubMed   cita… PMID:29187…
# 6 Requir… /pubm… Shi J, Bi P… Proc Na… Proc Natl A… PubMed   cita… PMID:29078…
# 7 Consid… /pubm… Carroll KJ,… Circ Re… Circ Res.  … PubMed   cita… PMID:29074…
# 8 ZNF281… /pubm… Zhou H, Mor… Genes D… Genes Dev. … PubMed   cita… PMID:28982…
# 9 Functi… /pubm… Kyrychenko … JCI Ins… JCI Insight… PubMed   cita… PMID:28931…
#10 Defici… /pubm… Papizan JB,… J Clin … J Clin Inve… PubMed   cita… PMID:28872…
## ... with 365 more rows, and 3 more variables: Db <chr>, EntrezUID <int>,
##   Properties <chr>

这将抛出一堆警告，这些警告源于缺少/附加的尾随“，"，在这种情况下，您可以忽略这些警告。请注意，列名已正确分配。

赞(0）回复(0）举报 2023-09-27

wooyq4lh2#

在readr 2.1.4中，这不起作用。结束逗号将与最后一个数据列合并，而不是忽略

赞(0）回复(0）举报 2023-09-27