1）检查安全设置

您是否检查并比较了Web和CLI之间的php.ini设置？
在脚本中，在开头添加以下内容：

phpinfo();
die();

运行页面并检查执行时应用的设置。您还将看到加载了哪些php.ini文件。
问题是shell_exec()和exec()可能出于安全原因而被禁用。这可以通过编辑PHP的 disable_functions 选项来更改。
INI设置通常存储在/etc/php/*目录下的特定*.ini文件中。所以你必须在那里寻找一些设置。你会发现一些 PHP 的c命令linei接口的INI设置（可能是/etc/php/8.2/cli/php.ini）和一些其他的web服务器设置。这取决于 PHP 是如何从您的Web服务器上运行的。在我的例子中，我正在运行一个 NGINX 服务器，它在 FPM 上运行 PHP。因此，在这种情况下，INI文件是/etc/php/8.2/fpm/php.ini。但是你也可以使用 CGI 或 Apache 模块运行 PHP。这就是为什么你应该在我建议的phpinfo()调用的帮助下检查哪个INI文件被加载了。
我的/etc/php/8.2/cli/php.ini文件将disable_functions设置为空字符串，这意味着在命令行中没有限制。但是在我的 FPM 设置中，我有一个巨大的关键功能列表，这些功能被禁用以降低我的服务器被黑客攻击的风险。如果我将shell_exec添加到禁用函数列表中，则无法从Web服务器调用它。这可能是你的情况。
Apache configuration can also set some PHP settings，仅用于特定的虚拟主机。所以如果你在php.ini文件中找不到什么东西的话，可以看看它们。
根据您的PHP设置，如果安装了 Suhosin 加固模块，您可能还需要检查safe_mode和suhosin.executor.*。

2）使用二进制文件的完整路径

当从Web服务器运行shell_exec()时，我认为在PATH中找不到二进制文件是相当常见的。
打开控制台并运行

which wkhtmltopdf

这将输出二进制文件的完整路径。例如/usr/bin/wkhtmltopdf。
现在将PHP代码替换为二进制文件的完整路径：

// Add the --enable-local-file-access option to enable access to local files (HTML)
$wkhtmltopdfCommand = "/usr/bin/wkhtmltopdf --enable-local-file-access {$outputHtmlPath} {$pdfOutputPath}";
shell_exec($wkhtmltopdfCommand);

而不是

shell_exec($wkhtmltopdfCommand);

尝试

$result = passthru($wkhtmltopdfCommand . ' 2>&1');
var_dump($result);

它应该能告诉你哪里出了问题