Phar支持zip，zip文件可以受密码保护。但是你需要一只猴子来输入zip密码，每当有请求进来的时候。所以，不，对闭源软件没有用。
但是，为了使这个有点严肃的答案，不，它真的不起作用：
PHP警告：include（phar：phar.zip）：无法打开流：phar错误：php shell code第1行中基于zip的phar phar.zip中无法处理加密的zip文件

想要一家公司购买封闭源代码软件
在这种情况下，光靠phar是帮不了你的。查找像ioncube这样的字节码编译器。