R语言在biomod2中运行Maxent时出现文件未找到错误

mdfafbf1 于 2023-10-13 发布在其他

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当我运行Maxent到biomod2时，我得到了这个错误：

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection

此外还有：警告消息：

1: running command 'java' had status 1 
2: In file(file, "rt") :
  cannot open file 'Sargassum.muticum.42.1.25.30/models/sstrange_sstmax_parmean_salinity/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_MAXENT.Phillips_outputs/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_Pred_swd.csv': No such file or directory

我已经按照http://modata.ceoe.udel.edu/dev/dhaulsee/class_rcode/r_pkgmanuals/MAXENT4R_directions.pdf的步骤添加了java路径，maxent.jar目录被复制到工作目录中，路径中没有空格。
当我打字

file.exists("maxent.jar")

我得到了真正的价值。
这些是我的选择：

model <- biomod2::BIOMOD_Modeling(formatdata                                   ,models=c("GLM","MAXENT.Phillips","RF","SRE")                                      ,models.eval.meth=c('KAPPA', 'TSS', 'ROC')                                      ,models.options = biomod_options('C:/Users/me/maxent.jar')                                      ,SaveObj = TRUE,do.full.models = FALSE                                      ,NbRunEval=1,DataSplitTable=dataSplitTable                                    ,VarImport=3,modeling.id = gsub("BO_", "", paste0(layers, collapse= "_")))

来源：https://stackoverflow.com/questions/52272749/file-not-found-error-when-running-maxent-in-biomod2

2条答案

按热度按时间

w8rqjzmb1#

我遇到了同样的问题，这里提出的解决方案解决了我的问题：Error running maxent from within biomod2 in R
简而言之，您的maxent.jar路径不应包含任何空格。

赞(0）回复(0）举报 2023-10-13

qzlgjiam2#

我的道路也没有任何空间，所以我的建议如下：
放：

myBiomodOptions <- BIOMOD_ModelingOptions(MAXENT = list(path_to_maxent.jar = "your_path"))

然后指定建模选项如下：

myBiomodModelOut <- BIOMOD_Modeling(bm.format = myBiomodData.r,
                                    modeling.id = 'AllModels',
                                    models = c('MAXENT'),
                                    bm.options = myBiomodOptions,
                                    CV.strategy = 'random',
                                    CV.nb.rep = 2,
                                    CV.perc = 0.8,
                                    metric.eval = c('TSS','ROC'),
                                    var.import = 2,
                                    seed.val = 42)

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