这似乎是软件包中的一个bug。根据methods参数的docs：
prop.test：相当于prop.test(x = x, n = n, conf.level = conf.level)$conf.int。
但是，如果我们看看来源：

if(any(method == "prop.test") || all.methods) {
    ci <- lapply(seq_along(x), function(i) stats::prop.test(x[i], n[i])$conf.int)
}

您可以看到conf.level参数没有传递给prop.test()，因此它始终使用默认值（0.95）。它应该说：

lapply(seq_along(x), function(i) stats::prop.test(x[i], 
    n[i], conf.level = conf.level)$conf.int)

这将导致不同CI的输出不同：

lapply(seq_along(x), function(i) stats::prop.test(x[i], 
        n[i], conf.level = 0.95)$conf.int)
# [[1]]
# [1] 0.299298 0.700702

lapply(seq_along(x), function(i) stats::prop.test(x[i], 
        n[i], conf.level = 0.8)$conf.int)
# [[1]]
# [1] 0.362262 0.637738

我不完全确定如何解决这个问题。Github repo似乎是只读的，因此您无法打开问题或合并请求。也许您可以使用CRAN page上的详细信息联系软件包维护人员。在此期间，你可以尝试下面的热修复。

热修复

这不是构建健壮代码库的方法，但如果你需要一个短期解决方案，你可以像这样修补函数：

# Replace the relevant line
binom_confint_body2  <- sub(
    "function(i) stats::prop.test(x[i], n[i])$conf.int)",
    "function(i) stats::prop.test(x[i], n[i], conf.level = conf.level)$conf.int)",
    body(binom.confint), 
    fixed = TRUE
)

# Get access to binom.methods in the binom environment
binom_confint_body2  <- gsub(
    "binom.methods",
    "binom:::binom.methods",
    binom_confint_body2, 
    fixed = TRUE
)

# Create the function text
binom_confint2_txt  <- paste(c(
    'binom.confint2  <- function (x, n, conf.level = 0.95, methods = "all", ...) {',
    binom_confint_body2,
    "}}",
    collapse = "\n"
))

# eval the function text to create binom.confint2()
eval(parse(text = binom_confint2_txt))

然后我们可以运行binom.confin2：

# Run the function
binom.confint2(x, n, methods = "prop.test", conf.level = 0.95)
#      method  x  n mean    lower    upper
# 1 prop.test 10 20  0.5 0.299298 0.700702

binom.confint2(x, n, methods = "prop.test", conf.level = 0.80)
#      method  x  n mean    lower    upper
# 1 prop.test 10 20  0.5 0.362262 0.637738